Родился и вырос Афанасий Михайлович в д.Удаловка, Елабужского р-на, Татарской АССР.

С 1935 по 1939 год проходил срочную службу в РККА. После окончания Оренбургской школы командиров в 1940 году получил звание Младшего лейтенанта запаса инженерных войск. С 1941 по 1942 год прошёл курсы усовершенствования командиров Красной Армии при Московском военно-инженерном училище. Вскоре был отправлен на Северо-западный фронт, где в должности Командира сапёрно-подрывного взвода 979 стрелкового полка, 253 стрелковой дивизии принял участие в боевых действиях. Затем в должности Начальника инженерной службы 983 стрелкового полка, той же 253 стрелковой дивизии  продолжил участие в боях по разгрому немецко-фашистских войск на территории Украины, Белоруссии, Польши, Румынии, Венгрии, Чехословакии, Австрии и Германии.

После окончания войны пригодился опыт военного строительства. С 1945 по 1961 год Афанасий Михайлович принял активное участие в востановлении и строительстве объектов народного хозяйства в Силламяэ, Нарве, Таллине, Ленинграде и Томске. Среди них: сланцеперегоночные заводы в Эстонии, газопровод «Кохтла-Ярве - Ленинград», Ленинградский фарфоровый завод им. М. В. Ломоносова, завод «Электросила», Волго-Донской судоходный канал имени В.И.Ленина, множество спецобъектов государственного значения и жилого фонда.

В 1961 году отставной офицер Южаков Афанасий Михайлович переехал на постоянное место жительства в г.Севастополь.