В 1940 году был призван в ряды Советской Армии.Проучившись в Курской Военной Академии ушел на войну. Фаррух Юсубов был активным участником Великой Отечественной Войны. Рота под его командованием сыграла решающую роль в боях за Сталинград. Ф.Юсубов в качестве командира роты и в звании майора прошел всю войну.Принимал активное участие во взятие Берлина.В освобождении Варшавы, Софии, Будапешта и других городов.За проявленное мужество и героизм Ф.Юсубов был дважды награжден орденом «Отчественной Войны первой степени», орденом «Красной Звезды», медалями за освобождение Сталинграда, Варшавы, Будапешта, Софии, Праги, взятие Берлина и другими орденами и медалями. За военные заслуги Фаррух Юсубов был награжден боевым пистолетом с личной подписью Иосифа Сталина.