В 1941 году призвали в армию. Повестку принесла техничка сельского совета прямо в поле, где и работал Афонасий, греб сено. Положил в вещевой мешок кружку, ложку, белье, питание на З дня и пошел в сельский Совет. Провожали Афонасия родители и односельчане. До Ольховского военкомата везли на лошади, пробыли один день, а потом в г. Шадринск.

Зачислили Афонасия в военно-морской флот и отправили на Дальний Восток. 15 суток ехали на скором поезде «Феликс Дзержинский». Прибыли во Владивосток, там пересели в другой поезд. Приехали в портовый город Артем, там поставили в карантин. Обучали строевой подготовке, учили стрелять, знакомили с обстановкой на фронте. В карантине находились полтора месяца. Там же, в г. Артем Афонасий закончил трехмесячную подготовку, изучал военное дело по обнаружению и обезвреживанию минных полей в воде, как управлять кораблем, как ориентироваться в море и так далее. Потом, после окончания трехмесячной подготовки уехал в часть, которая находилась в бухте «Золотой Рог» г. Владивостока. Попал служить на военно-морской корабль «Тральщик» Тихоокеанского флота. Основной задачей корабля было обнаружить и обезвредить минное поле на море. На корабле Афонасию было присвоено звание старшины II статьи.

Афонасию Анисимовичу не довелось участвовать в воине с гитлеровцами. В 1945 году услышал по радио, что началась война с Японией. Получили приказ прибыть в город Сэйсин в Северной Корее. Под вечер корабль «Тральщик» вышел из г. Владивостока на рассвете уже подходил к г. Сейсину. Когда подошли ближе к городу, корабль обстреляли японцы с берега. «Тральщик» от удара снаряда получил пробоину, в трюмы пошла вода.

Но пробоину успешно забили и на рассвете высадились на берег. Приняли первый бой. Вперед ушли разведчики, тридцать человек, никто из них не вернулся, все погибли. И задушевного друга Афонасия - Валентина из деревни Беркут, что в шести километрах от села Язовки, тоже убили в этом бою, пуля прямо в лоб. Через всю войну он до сих пор носит в себе эту неутихающую боль воспоминаний о гибели своих друзей, товарищей. Сам Афанасий в этом же бою был легко ранен. Осколок от разорвавшейся вблизи мины до сих пор сидит у в левой руке. В госпитале не лежал, медсестра перевязала рану, а через пять дней снял перевязку снова в бой. После Сэйсинской операции 13-я бригада морской пехоты в числе других подразделений, участвовавших в боях, была преобразована в гвардейскую. Участвовал в боях за города России, Дзёсин, Гензан.

Закончил Афонасий Анисимович войну в Северной Корее в 1945 году.