Во второй половине 1942г. направлен в Военное авиационное училище разведчиков ВВС Красной Армии (ВАУР), г.Давлеканово (Башкирия). Училище готовило экипажи для разведывательных частей ВВС.

Состав экипажа самолета Пе-2: летчик младший лейтенант Голубничий Иван Поликарпович, летнаб (летчик-наблюдатель) лейтенант Дерябичев Юрий Павлович, воздушный стрелок-радист сержант Воскобойников Анатолий Лаврентьевич.

Весной 1943г. состоялся первый выпуск училища.

Несколько выпускников к апрелю 1943г. прибыли в 47 гвардейский авиационный полк дальних разведчиков. Командир полка- гвардии подполковник Тюрин Трофим Романович.

К средине сентября 1943г. Анатолий Лаврентьевич совершил 30 боевых вылетов, 23 из которых- с оценкой «отлично». Вел разведку районов: Дно, Псков, Тарту, Нарва, Луга, Кингисепп, Остров, Коровье Село, Кресты, Пески, Городец, Сиверская и др. До 36 раз его самолет был обстрелян зенитной артиллерией, дважды возвращаясь с пробоинами.

24 сентября 1943г. стрелок-радист 3 авиаэскадрильи сержант Воскобойников был представлен к ордену Красной Звезды, приказом от 04 ноября 1943г. награжден орденом Отечественной войны II степени.

К средине апреля 1944г. выполнил еще 10 боевых вылетов на дальнюю разведку.

Приказом от 16 мая 1945г. гвардии старший сержант Воскобойников был награжден медалью «За отвагу».

К концу мая участвовал еще в 22 боевых вылетах в районы Вильнюс, Каунас, Лида, Минск, Барановичи и др.

23 мая 1944г. был представлен к ордену Красного Знамени, приказом о награждении от 15 августа 1944г.

К концу июня совершил еще 17 боевых вылетов.

01 июля 1944г. был представлен к ордену Красного Знамени, приказом от 21 июля 1944г. награжден орденом Славы III степени.

К 05 февраля 1945г. Анатолий Лаврентьевич совершил еще 34 боевых вылета. Участвовал в разведке районов: Рига, Митава, Шауляй, Паневежис, Могилев, Орша, Витебск, Тильзит, Кенигсберг, Инстербург, Алленщтайн и др.

Приказом от 22 февраля 1945г. был награжден орденом Славы III степени.