Участник Великой Отечественной войны с июня 1941 года - Брянский фронт, с октября 1943 года - 2-й Прибалтийский фронт.

В первые годы Отечественной войны Митрофан Яковлевич учавствовал в составе стрелковой дивизии 1195 стрелкового полка 1-го батальона, 1-й роты, в должности стрелка. 5 января 1942 года при освобождении района Андриаполь Калининской (Тверской) области в штыковом бою был ранен, после выздоровления был направлен обратно в свою часть.

13 февраля 1942 года при освобождении г. Велиш Калининской (Тверской) области был тяжело ранен командир взвода, Воротков Митрофан Яковлевич взял на себя командование взвода и повел в атаку, в штыковом бою уничтожил лично 3-х немцев, где получил сам тяжелое ранение, после чего был направлен в госпиталь на лечение.

Находясь в 198 Батальоне Аэродромного Обслуживания командиром стрелкового взвода показал себя дисциплинированным, волевым офицером, грамотным, благодаря умелому и правильному воспитанию личного состава взвода, взводимеет хорошую боевую выучку, личный состав взвода только за 1944 год имел 127 благодарностей и 6 красноармейцев награждены правительственной наградой.

Взвод нес службу по охране материальной части самолетов и личного состава авиаполков бдительно, в результате чего, красноармеец Ильясов задержал неизвестного, который оказался шпионом, красноармейцы Муталов и Карпов при обстреле вражеской артилерии не покинули своего поста и плгибли на боевом посту. Два раза часовые своевременно предупреждали пожары в лесу в районе своих постов.

Воротков Митрофан Яковлевич на аэродромах "Вездешь" и "Островщина" полностью обеспечивал всем необходимым для работы авиаполков. 

За пролитую кровь и мужество, Митрофан Яковлевич удостоен правительственной наградой орден "Отечественной войны 2-й степени" (фронтовой приказ № 63/н от 20.08.1944 года, ВС 15 ВА 2 Прибалтийского фронта), орденом "Краская звезда".