Медаль “За боевые заслуги”, учрежденная одновременно с медалью “За отвагу”, была одной из первых советских медалей.
Автор рисунка медали - художник Дмитриев С.И.
Первое награждение медалью “За боевые заслуги” было произведено Указом Президиума Верховного Совета СССР от 19 октября 1938 года. Согласно этому Указу медали удостоились 168 человек. Алфавитный список открывали фамилии младшего командира Абрахманова Абдурасула, красноармейцев Абдуллина Садрина, Айталиева Хусана, Алибекова Ергеаза и старшего политрука Андреева Александра Тимофеевича.
Впервые в предвоенные годы медаль "За боевые заслуги" вручалась в массовом порядке участникам боев у озера Хасан. За образцовое выполнение боевых заданий, за доблесть и мужество, проявленные при обороне района озера Хасан, Указом ПВС СССР от 25 октября 1938 года было совершено 1158 награждений. Алфавитный список открывали имена красноармейца Абищева Абдулхана, младшего командира Абеляева Ивана Ивановича, красноармейца Абрамова Николая Михайловича и лейтенанта Абрамсова Алексея Климентьевича.
Указом ПВС СССР от 14 ноября 1938 года медалью "За боевые заслуги" были награждены 248 военнослужащих. Первыми в списке стояли фамилии военврача 3-го ранга Абозина Вадима Григорьевича, красноармейца Абельчук Поликарпа Степановича, младшего командира Абрамова Павла Ивановича, лейтенанта Агрызкова Михаила Дмитриевича.
За отличное выполнение боевых заданий на Дальнем Востоке Указом ПВС СССР от 19 января 1939 года награждено 39 человек. Открывали список фамилии красноармейцев Агутина Якова Павловича, Беляева Павла Васильевича, Бусыгина Антона Васильевича и старшего политрука Баркова Василия Михайловича.
Следующее массовое награждение медалью произошло пол года спустя. Небольшая река Халхин-Гол, затерявшаяся в безбрежных монгольских степях, сделалась ареной событий, вошедших в историю. Здесь летом 1939 года бойцы красной Армии проявили массовый героизм. За подвиги, совершенные во время боев в районе реки Халхин-Гол, медалью “За боевые заслуги” были награждены 2842 человек. Среди героев Халхин-Гола широко стал известен сержант Павел Елизарович Пономарёв. Он одним из первых был награждён медалью “За боевые заслуги”, а затем удостоен орденов Ленина, Красного Знамени, Красной Звезды, Красного Знамени Монгольской Народной Республики и высокого звания Героя Советского Союза.
Всего до начала Великой Отечественной войны было произведено более 21 тысячи награждений этой медалью.
Во время Великой Отечественной войны награждение медалью “За боевые заслуги” приняло массовый характер. Медалью в основном награждался рядовой и сержантский состав, реже - младшие офицеры. Также случались награждения и гражданских лиц. Так, например, летом 1941 года медалью “За боевые заслуги” был награжден 15-летний московский школьник Женя Нефедов. Он получил эту награду за успешную борьбу с немецкими зажигательными бомбами, которыми фашистские бомбардировщики засыпали жилые кварталы Москвы. За один налет восьмиклассник Нефедов загасил девять “зажигалок”.
Еще до окончания войны Президиум Верховного Совета СССР Указом от 4 июня 1944 года ввел порядок награждения орденами и медалями военнослужащих Красной Армии за выслугу лет. Единственной медалью, которой награждались военнослужащие за 10 лет безупречной службы, была медаль “За боевые заслуги” (за выслугу 15, 20 и более лет вручались ордена). Такой порядок награждения “за выслугу лет” был отменён лишь в 1958 году.
Необходимо отметить, что до 1947 года на медаль наносился серийный номер. Однако, согласно пункту 8 Протокола № 176 Секретариата Президиума Верховного Совета СССР от 30 января 1947 года "дальнейшее изготовление медалей СССР, за исключением медали "Золотая Звезда" Героя Советского Союза и медали "Серп и Молот" Героя Социалистического Труда, производится без нанесения номеров". Таким образом, с января 1947 года медаль изготавливалась без номера, хотя ранее изготовленные номерные экземпляры продолжали вручаться еще некоторое время.
В послевоенные годы, помимо награждений за выслугу лет, медаль "За боевые заслуги" вручалась и за конкретные боевые отличия. В 1956 году была награждена большая группа военнослужащих, отличившихся в подавлении "контрреволюционного мятежа" в Венгрии. Только в одной 7-й Гвардейской воздушно-десантной дивизии этой медали удостоились 196 человек.
По состоянию на 1 января 1995 года медалью “За боевые заслуги” было произведено 5.210.078 награждений.