Июнь 1941 года – пора сдачи экзаменов и прощания со школой. Начало Великой Отечественной Войны совпало с выпускными вечерами в московских школах. Большое количество учащихся и выпускников московских школ 1941 года стремились попасть на фронт, хотя призывной возраст начинался с 18 лет. На призывные пункты приходили целыми учебными классами вместе с учителями. К началу войны в Москве работало более 600 школ, в них обучалось около 550 тысяч детей.
1 июля исполком Моссовета принял постановление "О порядке эвакуации детей из Москвы". С 29 июня по 29 июля из Москвы было эвакуировано почти 950 тыс. человек, в основном женщин и детей. В числе малышей, перевезённых из столицы в Подмосковье, на Рязанщину, в Ярославскую и Тульскую области, были также воспитанники детских домов и интернатов. Когда через несколько недель стало очевидным, что эвакуация в близлежащие районы, организованная по поспешному плану Московского совета, не целесообразна, детей стали отправить в более отдаленные от линии фронта населенные пункты. Такими местами на карте СССР оказались Урал, Поволжье и Центральная Азия. Власти этих регионов должны были обеспечить детей жильём, питанием, медицинским обслуживанием и образовательными программами.
2304 ребёнка из 16 московских интернатов на время войны стали жителями Казахской ССР, а десятки тысяч малышей попали под опеку детских учреждений Горьковской, Молотовской (Пермский край), Новосибирской и Челябинской областей, Мордовской, Мари, Чувашской и Татарской АССР.
13 сентября 1941 года Исполком Моссовета принял решение о «О работе школ города Москвы в 1941-1942 учебном году». В нем предусматривалось открыть всего 997 классов в 134 школах с общим числом учащихся 34 788 человек. Начать учебный год было решено с 15 сентября.
Вся жизнь старших школьников оставшихся в Москве была направлена на оказание помощи фронту. Как и сотни других москвичей, они строили оборонительные укрепления, наполняли бочки и ящики песком для тушения зажигательных бомб, заклеивали окна полосками бумаги, чтобы уберечь стекла от взрывной волны, укрепляли маскировочные шторы. По ночам дежурили на крышах домов.
Огромная заслуга школьников состоит в том, что благодаря их самоотверженной работе, связанной с риском для собственной жизни, уцелели многие памятники культуры, стратегически и экономически важные объекты, жилые дома, подвергавшиеся обстрелу с воздуха. Школьники помогали расчищать завалы после бомбежек. Во время ночных дежурств следили за тем, чтобы не было света в окнах.
Подавляющее большинство школьных зданий оказалось на несколько месяцев, а зачастую на более длительное время занято под госпитали, военно-учебные заведения, призывные пункты, казармы и другие объекты военного назначения.
Школьники работали в госпиталях, обслуживали раненых, оказывали им посильные услуги, помогали писать письма, кормили. Дети работали на фабриках и заводах, заменив ушедших на фронт родителей, сестер, братьев.
Осенью 1941 года многие ученики 8-10 классов были направлены в колхозы и совхозы московской области на уборку овощей и картофеля. Особое место занимал труд детей по оборонному заказу, организованный школами непосредственно в школьных мастерских.
Осенью 1941 года остро обозначилась проблема недостатка педагогических кадров, в основной массе ушедших в народное ополчение или занятых на производстве. Был разработан новый учебный план, в котором отменялись уроки рисования и пения. Из программ 6 и 7 классов исключалось черчение, а в 9 классе – основы дарвинизма. Вместе с тем увеличивалось количество учебных часов, отводимых на русский язык и литературу, а также на математику и военно-физическую подготовку
В Москве начала развиваться другая форма организации учебной работы – школьные консультационные пункты, ставшие ценной находкой в условиях нехватки школьных помещений и сокращения численности учащихся старших классов. Они открылись в декабре 1941 года в 32 школах Москвы для 12 тысяч учеников 7-10 классов. Три раза в неделю по два часа учащиеся посещали занятия, на которых учитель давал задания для самостоятельного выполнения. Затем следовали зачеты и экзамены.
Таким образом, несмотря на сложность и опасность ситуации, вся система школьной организации, ее учебно-воспитательная работа были перестроены в соответствии с насущными задачами, стоящими перед всей страной. Вместе с тем школа не утратила своей основной задачи, московские школьники продолжали обучение.
Полноценные учебные занятия в московских школах возобновились в сентябре 1942 года, когда многие дети вернулись из эвакуации в Москву. Первыми московскими первоклашками периода Великой Отечественной войны стали дети 1933 и 1934 годов рождения (в те годы начинали учиться с 8 лет, и лишь в 1944 году школы начали набирать в первый класс детей семилетнего возраста.
В 1942/43 учебном году в столице работало около 300 школ, к концу войны были открыты 453 школы.