Указом Президиума ВС СССР от 22 февраля 1941г. майор Трубицын был награжден орденом «Знак Почета».

Служил в Таганрогской военной авиационной школе пилотов им.Чкалова на должностях летчика-инструктора, командира звена, командира отряда. Готовил летчика для строевых частей. 

Подготовил для самолетов СБ 119 летчиков, 40 штурманов, 40 воздушных стрелков-радистов.

В сентябре 1941г. авиашкола была эвакуирована в Омск.

В 1942г. на базе авиашколы и Давлекановской (Гомельской) военной авиационной афэрофотограмметрической школы было образовано Военное авиационное училище разведчиков ВВС Красной Армии.

К 1943г. Сергей Иванович командир учебной авиаэскадрильи Военного авиационного училища разведчиков ВВС Красной Армии (г.Давлеканово, Башкирия).

В 1943г. на самолете Пе-2 имел налет 67ч.43мин.

В 1943г. в эскадрилье во время учебных полетов произошло 5 аварий, 4 из них- по вине летного состава.

В ноябре 1943г. Сергей Иванович был объявлен выговор.

В 1943г. он подготовил на самолеты Пе-2 27 экипажей (летчик- штурман- стрелок-радист).

29 февраля 1944г. майор Трубицын был представлен к ордену Красной Звезды. Указ Президиума ВС СССР о награждении от 19 августа 1944г.

За долголетнюю и безупречную службу в ноябре 1944г был награжден вторым орденом Красной Звезды.

Награжден медалью «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

За долголетнюю и безупречную службу в 1950г был награжден орденом Красного Знамени, в 1954г.- орденом Ленина.

Полковник Трубицын вышел в отставку 22 сентября 1955г.