С началом Великой Отечественной войны добровольно вступил в Севастопольский партизанский отряд и был назначен заместителем Верзулова, командира группы железнодорожников. В партизанском отряде находился с сентября 1941 по май 1942 г.

24 мая 1942 г. по заданию командования Центрального штаба партизанского движения Крыма получил приказ провести через линию фронта в обороняющийся Севастополь спецгруппу НКВД. 11 полуголодных, истощенных людей совершили путь длиной почти в 200 км за 9 дней, такой переход через линию фронта считался невозможным.

Вот, как вспоминает об этом переходе сам Михаил Фёдорович:
«В 1942 году 24 мая меня вызвал командир 3-го района, заместитель командующего партизанского движения Крыма Северский. В то время я был командиром группы разведки Севастопольского объединённого партизанского отряда. Штаб объединённого 3-го района находился в Барла-Кош. Мы базировались под г. Басман. И.З. Вергасов приказал мне сдать группу разведки и провести в Севастополь спецгруппу НКВД Крыма, которая была высажена в Крым в районе Феодосии с задачей инспекции партизанских отрядов Крыма. Группа прибыла к Северскому. Западнее нашего (4 и 5-го) объединённого района партизанских отрядов не было, поэтому группе нужен был проводник до Севастополя. Выбор пал на меня. У спецгруппы, которая прошла от Феодосии до Заповедника, по всем отрядам были собраны подробные сведения об их деятельности. Это были очень ценные сведения, которые были нужны обкому для оценки состояния партизан и принятия решения по реорганизации движения…

Вышли в путь 24 мая…после 18.00… Я повёл группу так, как мы шли 8-10 марта в Заповедник с Чайного домика – по Яйле до ветросиловой станции (на г. Бедене-Кыр), потом прошли в Карадагский лес, а из него через Бизюк в овраг с мостом перед Байдарами. Сюда шли трое суток. … Продуктами запаслись в р-не Бештекне – у меня там был спрятан запас. Пришли на Чайный домик, отдохнули. Через Сары-Кая спустились, где сейчас стоит ресторан, снова поднялись на Сююрю-Кая и по хребтам пошли до их конца на Север… пошли на Керменчик…в Лаки, с рассветом пошли дальше… в Кучук-Сюрень…по узкоколейке к станции Сюрен, а от неё по ж/д дороге (по лесозащитной посадке) к Мекензевым горам. Обошли по реке мост и садами, мимо Заланкоя поднялись в гору. Прошли мимо батареи, которая стреляла по Севастополю… ст. Бельбек, перешли речку, вышли на каменный мостик и полезли в гору. Через балку видно было передний край наших войск…
Было 31 мая 1942 г.. 9 дней мы шли впроголодь».