«Щ-406» погибла утром 29 мая 1943 года на линии мин заграждения «Зееигель-13», которое было выставлено в июле 1942 (120 мин «EMB» с углублением 20 и 25 м и 410 «UMA» с углублением 10 и 20 м). Немецкий корабельный дозор наблюдал взрывы трех мин (один из них зафиксирован 09.55 по Берлину), после чего на поверхности воды обнаружен слой масла.

    Фатальным для «Щ-406» стал взрыв противолодочной мины «UMA», минреп которой был зацеплен правым носовым горизонтальным рулем субмарины, который притянул мину к борту. Часть экипажа подлодки в кормовых отсеках и центральном посту пережили взрыв. Попытка подводников выйти из кормового аварийного люка не удалась; получилось лишь приоткрыть его на несколько сантиметров. Рубочный люк они сумели открыть, что свидетельствует о том, что через него удалось провести эвакуацию. По крайней мере, подлодку сумел покинуть один человек. Согласно финским данным 6 июня 1943 года у побережья острова Ристисаари в районе Котки (примерно 28 миль к северо-западу от места гибели субмарины) было обнаружено тело советского подводника в гидрокостюме и дыхательном аппарате. Он был похоронен там же, на острове. Вероятнее всего это был один из 40 членов экипажа«Щ-406».