Война началась 22 июня 1941 года. Но  Сисина Якова Николаевича на войну призвали не сразу. На 2 года наложили бронь, чтобы он работал в колхозе Широкий Уступ Саратовской области трактористом и комбайнёром, вспахивая землю и убирая зерно. Обучал женщин этой работе.  

В марте 1943 году был призван по мобилизации Баландинским РВК Саратовской области и зачислен во 2 мех. бригаду на защиту Родины. Направление Курская Дуга II украинский фронт. Яков Николаевич был высоким крепким мужчиной и его взяли заряжающим в артиллеристы. Для того, чтобы пушку перевозить, снаряды заряжать, окопы копать необходима была выносливость и сила. Сапёрная лопата была самым нужным инструментом. Останавливаясь на привале, солдаты окапывались. Кто не успевал сделать себе убежище, погибал во время неожиданного налёта немецких самолётов. Яков Николаевич не был ранен ни разу, благодаря своей предусмотрительности, трудолюбию и желанию победить.

Война закончилась в 1945 году, а Яков Николаевич вернулся только в июле 1946 года. Дело в том, что Красная Армия, выполняя свой союзнический долг после завершения разгрома Германии, 8 августа 1945 г. вступила в войну против Японии. Якова Николаевича отправили военным эшелоном на Дальний Восток помогать союзникам. За 23 дня армия она разгромила миллионную группировку японских сухопутных войск на территории Северо-Восточного Китая (Маньчжурии), что значительно ускорило окончание Второй мировой войны на Дальнем Востоке.

Награждён Орденом Красной Звезды, медалью "За отвагу", "Взятие Будапешта", "Взятие Вены", "Освобождение Праги", "Победа над Германией", "Победа над Японией". Имя Сисина Якова Николаевича увековечено в Книге памяти Саратовской области. Том 15. Он прожил 87 лет. Вырастил сына  Владимира и дочь Валентину.