В 1932 году Борис Лукич отбывал цензовую военную службу в г. Кушке Узбекской ССР, после чего в 1933 г. переехал в г. Калугу и работал здесь в лаборатории железнодорожной больницы. Из Калуги перевелся в г. Ленинград на должность зав. лаборатории поликлиники № 26.

В 1937 году Б.Л. Шура-Бура был призван в ряды ВМФ и назначен начальником лаборатории госпиталя на о. Русском, а через год переведен во Владивосток в санитарно-эпидемиологическую лабораторию Тихоокеанского флота. В СЭЛ ТОФ на протяжении 8 лет последовательно выполняя функции бактериолога, эпидемиолога, начальника СЭЛ, приобрел опыт противоэпидемической работы, особенно в области борьбы с кишечными инфекциями и природно-очаговыми заболеваниями.

В период работы на флоте Борис Лукич написал кандидатскую диссертацию на тему «Опыт борьбы с вируорассеиванием дизентерийными хрониками» - о значении хронических больных в эпидемиологии дизентерии, использовав свои многолетние наблюдения и опыт борьбы с дизентерией на флоте, а также выполнил экспериментальную часть работы. Кандидатскую диссертацию Б.Л. Шура-Бура успешно защитил в 1946 году.

В период Великой Отечественной войны возглавил в качестве начальника СЭЛ Тихоокеанского флота работу по противоэпидемическому обеспечению кораблей и баз и принимал участие в подготовке эпидемиологов на курсах усовершенствования медицинского состава флота.

В 1945г. Б.Л. Шура-Бура был переведен в Военно-Морскую медицинскую академию в г. Ленинграде, где работал непрерывно до 1952 г. на различных преподавательских должностях.