Будучи инженером-строителем и имея бронь на работу в тылу, в возрасте 34-х лет Шульце Евгений Евгеньевич добровольно подал заявление в военкомат, чтобы попасть на фронт. Он был призван по мобилизации в городе Барнауле Алтайского края в мае 1942 года и зачислен в 24-й учебный строительный полк, где служил курсантом до февраля 1943 года. После окончания учебы был направлен в 335-й отдельный саперный батальон, где принял командование саперным отделением. В январе 1944 года был ранен и попал в госпиталь, а оттуда снова вернулся в строй в состав 103-го отдельного саперного батальона, где служил сначала в 1-м отдельном военно-геологическом отряде, а затем в 24-м гидротехническом отряде до самого окончания войны.
На фронте Шульце Евгений Евгеньевич выполнял задачи по минированию и разминированию, составлял карты минных заграждений, возводил временные переправы через реки - максимально использовал свои профессиональные знания и навыки инженера-строителя для приближения общей победы. Одно из последних сражений, в которых ему довелось участвовать - это взятие Кенигсберга. Спустя много лет он рассказывал о тщательной артиллерийской подготовке, и последовавшем за ней стремительном продвижении войсковых частей на запад.
За время Войны Шульце Евгений Евгеньевич был награжден медалью «За боевые заслуги», двумя орденами «Красной Звезды», медалью «За взятие Кенигсберга», а также медалью «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.». Окончил свой боевой путь в звании гвардии сержанта.
После окончания Великой Отечественной войны Евгений Евгеньевич вернулся к своей гражданской профессии. Он восстанавливал разрушенное войной хозяйство, строил электростанции и промышленные предприятия. Трудился в Сибири и на Украине, в Казахстане и на Дальнем востоке. Ушел из жизни 16 октября 1989 года. Память о нем хранят его дети, внуки и правнуки.