Служил в Красной Армии с 15 августа 1935г. Уволен в запас в 1936г.

Призван из запаса по мобилизации в июне 1941г.

В мае 1942г. направлен в формирующуюся 8 мотострелковую бригаду в п.Кузьминки Московской обл. Командир бригады подполковник  Савинов Иван Федорович. Назначен офицером связи штаба бригады.

С 16 по 23 июля 1942г. бригада, входившая в состав 8 танкового корпуса, совершила 350-км марш и сосредоточилась в районе д.Фомкино Московской обл.

С 01 по 04 августа 1942г. марш в район Погорелое Городище.

06 августа 1942г. поступил приказ- выбить немцев из деревень Козлово и Горшково (Тверская обл.). Приказ был выполнен к исходу дня.

07 и 08 августа бригада находилась в обороне.

С 11 августа бригада наступала в направлении Сабурово и Жулебино.

12 августа 1942г. в бою был ранен лейтенант Шубин.

В конце декабря 1942г. направлен на Воронежский фронт.

К августу 1943г. старший лейтенант, офицер связи штаба 93 танковой бригады.

Участник Курского сражения.

Бригада участвовала в прорыве обороны противника на участке Веселый- Новоалександровка. В первый день наступления бригада вклигилась в оборону противника на 16км. Семен Данилович находился в боевых порядках бригады, собирая для штаба сведения о точном нахождении частей бригады.

Приказом от 31 августа 1943г. награжден орденом Красной Звезды.

В ноябре бригада переправилась на западный берег р.Днепр и вела бои на Букринском плацдарме.

Участвовала в освобождении Правобережной Украины, освобождала г.Житомир.

К июлю 1944г. капитан Шубин адъютант старший 2 танкового батальона 93 отдельной Краснознаменной Житомирской танковой бригады.

С 16 по 23 июля бригада участвовала в разгроме окруженной группировки противника в районе совхоза Злочев. Благодаря четкой организации работы штаба капитаном Шубиным, командование своевременно получало данные об обстановке и принимало соответствующие решения.

Семен Данилович был представлен к ордену Отечественной войны I степени, приказом от 22 августа 1944г. награжден орденом Отечественной войны II степени.

К январю 1945г. назначен заместителем начальника штаба бригады по оперативной работе.

17 января в бою в районе польского г.Сулеюв руководил отражением удара с тыла. Было уничтожено 3 бронетранспортера, танк и до 100 солдат и офицеров противника.

23 января бригада вышла к р.Одер у г.Милич.

С января по февраль 1945г. бригада прошла с боями 1500км.

В марте майор Шубин был представлен к ордену Отечественной войны II степени, приказ о награждении от 26 апреля 1945г.

17 марта 1945г. бригада удостоена звания «гвардейская» и переименована в 68 отдельную гвардейскую танковую бригаду. 

В апреле бригада участвовала в Берлинской операции.

Семен Данилович отличился умением в управлении подразделениями бригады в ночном бою в районе Барут. Бригада уничтожила группировку противника, нанеся большой урон его живой силе и технике.

Приказом от 29 мая 1945г. исполняющий обязанности начальника штаба бригады гвардии майор Шубин награжден орденом Красного Знамени.

Награжден медалями «За взятие Берлина», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.».

В 1956г. награжден медалью «За боевые заслуги».

Службу окончил в звании гвардии подполковник.

В честь 40-летия Победы награжден орденом Отечественной войны I степени.