С 09 апреля 1943г. сержант Шишов служил авиамехаником в составе 309 истребительного авиаполка.

Подготовил самолеты полка к 180 боевым вылетам.

05 января 1944г. при налете авиации противника был ранен в ногу.

27 апреля 1944г. выписан из эвакогоспиталя ЭГ 1851 и направлен в 202 запасной стрелковый полк.

13 мая 1944г. в составе команды военнослужащих направлен из 202 запасного стрелкового полка во 2-ю Московскую авиационно-техническую школу.

Продолжил службу в 17 ночном бомбардировочном авиаполку. Командир полка подполковник Боровков Николай Андрианович. На вооружении полк имел самолеты У-2 (По-2).

В 1944г. полк участвовал в Оршанско-Витебской, Вильнюсской и Каунасской операциях, с 24 июля 1944г. вел разведку и бомбардировал позиции противника в Восточной Пруссии.

К средине августа 1944г. сержант технической службы Шишов подготовил материальную часть самолетов По-2 к 55 боевым вылетам, 

Участвовал во взятии в плен отряда немецких солдат численностью до 300 человек, пробиравшегося по лесам к линии фронта из окружения под Витебском.

Приказом от 22 августа 1944г. был награжден медалью «За отвагу».

В 1945г. полк участвовал в разгроме Восточно-Прусской группировки противника, бомбардировал гарнизон Кенигсберга.

26 января полк перебазировался с аэродрома Наудишки на аэродром Замолен, в 10км. северо-западнее Гумбинен.

В апреле бомбардировал военно-промышленные объекты противника в порту Пиллау.

В последние недели войны полк бомбардировал войска противника на Земландском полуострове и косе Фрише-Нерунг (Вислинская коса). 

Полк базировался на аэродроме Шромбенен. 08 мая перебазировался на аэродром Робиттен в 20км. юго-восточнее г.Эльбинг.

Старший сержант технической службы Шишов был награжден медалями «За взятие Кенигсберга», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.» 

Инженер-лейтенант Шишов был уволен в запас 23 января 1948г.