Добровольцем через Горьковский райвоенкомат направлен в Энгельсскую военную авиационную школу пилотов.

По окончанию школы присвоено звание сержант.

Весной 1942г. проходил переобучение на самолет North American B-25 Mitchell. Зачислен пилотом в 125 бомбардировочный авиаполк. Командир полка- подполковник Ульяновский Сергей Алексеевич.

С 01 августа 1942г. полк базировался на аэродроме Чкаловское (Московская обл.). 

29 сентября 1942г. полк переведен в состав авиации дальнего действия, переименован в 125 авиаполк дальнего действия.

Сержант Ширшов правый пилот в экипаже: в составе экипажа: командир корабля старший лейтенант Павкин Иван Михайлович, штурман капитан Щекунский Максим Никифорович, стрелок-радист старший сержант Федотов Николай Михайлович, воздушный стрелок старший сержант Коцюруба Петр Александрович.

09 марта 1943г. экипаж участвовал в бомбардировке железнодорожного узла Брянск.

18 марта 1943г.- железнодорожного узла Гомель.

28 марта 1943г. полку присвоено почетное наименование «гвардейский», полк преобразован в 15 гвардейский авиационный полк дальнего действия.

31 марта 1943г. экипаж вылетал на разведку погоды. За отлично выполненное задание получил благодарность от командования.

20 апреля 1943г. Геннадию Александровичу присвоено звание младший лейтенант.

К 11 мая 1943г. совершил 36 боевых вылетов ночью. Представлен к ордену Красной Звезды, приказ о награждении от 08 августа 1943г.

В ночь на 01 сентября 1943г. экипаж самолета №648: командир корабля гвардии старший лейтенант Детков Петр Алексеевич (148 боевых вылетов, боевой налет 546 часов), правый летчик гвардии младший лейтенант Ширшов Геннадий Александрович, штурман гвардии старший лейтенант Красавин Тимофей Михайлович, стрелок радист гвардии старшина Вагин Николай Егорович, стрелок гвардии сержант Фролов Алексей Михайлович, вылетел на фотографирование результатов бомбардировки аэродрома Боровское. Работу по радио на передачу экипаж не вел, согласно распоряжению. С боевого задания не вернулся.