В 1942г. слушатель Полтавских высших авиационных курсов усовершенствования штурманов ВВС Красной Армии (с сентября 1941г. находились в Краснодаре, При подходе немецких войск к городу в 1942г. эвакуированы в г.Ворошиловск (Ставрополь).

В сентябре 1942г.- направлен в Военное авиационное училище разведчиков ВВС Красной Армии (ВАУР), г.Давлеканово (Башкирия). Училище готовило экипажи для разведывательных частей ВВС.

Состав экипажа самолета Пе-2: летчик младший лейтенант Кожуров Алексей Федорович, летнаб (летчик-наблюдатель) младший лейтенант Щукин Николай Николаевич, воздушный стрелок-радист старший сержант Гречихин Владимир Иванович.

Весной 1943г. состоялся первый выпуск училища.

Экипаж был направлен в 48 гвардейский авиационный полк дальних разведчиков. Зачислен в состав 4 авиаэскадрильи.

Вел разведку в районах Харьков, Красноград, Полтава, Днепропетровск, Запорожье, Кривой Рог, Никополь, Сталино, Красноармейское.

К 12 ноября 1943г. гвардии младший лейтенант Щукин совершил 30 боевых вылетов на разведку. Был представлен к ордену Красного Знамени. Приказом от 19 января 1944г. награжден орденом Красной Звезды.

В первой половине 1944г. экипаж вел разведку в районах Херсон, Мелитополь, Симферополь, Никопольского и Перекопского плацдармов, вдоль рек Днепр, Ингул, Ингулец, Днестр, Прут.

Николай Николаевич был назначен старшим летнабом, присвоено звание лейтенант.

К концу июня 1944г. совершил 56 успешных боевых вылетов. Приказом от 18 августа 1944г. был награжден орденом Красного Знамени.

Участвовал в разведке опорных пунктов и укрепленных районов противника в районах Будапешт, Секешфехервар, Естергом, Братислава, Вена, Брно, Линц, Загреб, Триест.

За годы войны выполнил 90 успешных боевых вылетов на разведку.

Приказом от 16 июня 1945г. гвардии лейтенант Щукин был награжден вторым орденом Красного Знамени.

Награжден медалями «За взятие Вены», «За взятие Будапешта», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

Подполковник Щукин вышел в отставку 19 июля 1961г.

В честь 40-летия Победы награжден орденом Отечественной войны I степени.