Войну встретил в составе 8 дальнего бомбардировочного авиаполка.

Боевые вылеты, описанные в наградном листе: 15 июля- экипаж в воздушном бою сбил истребитель Ме-109 (Мессершмитт), 23 июля в район Новомосковска, 03 ноября- аэродром Сталино.

За 20 успешных боевых вылетов 14 августа 1941г. был представлен к ордену Красного Знамени, награжден не был.

После представления совершил 3 дневных и 22 ночных боевых вылетов. 

В ноябре 1941г. штурман звена старший лейтенант Щербина командиром полка майором Молочниковым Григорием Михайловичем был представлен к ордену Красного Знамени. Приказ о награждении 

Имеется информация, что Алексей Григорьевич находился на излечении в эвакогоспитале ЭГ 2103.

В январе 1942г. полк был расформирован.

В мае 1942г. старший лейтенант Щербина в составе 752 дальнего бомбардировочного авиаполка. Полк базировался на аэродроме Липецк. Командир полка подполковник Бровко Иван Карпович. Полк имел на вооружении самолеты ДБ-3ф.

11 мая 1942г. экипаж 2 авиаэскадрильи полка: летчик старший лейтенант Буряк Алексей Фадеевич, штурман старший лейтенант Минченко Мефодий Константинович, штурман-стажер старший лейтенант Щербина Алексей Григорьевич, воздушный стрелок-радист старший сержант Андриевский Борис Алексеевич- в 21-05 с высоты 3200 бомбардировал железнодорожный узел Орел.

01 июня 1942г. экипаж 2 авиаэскадрильи полка: летчик младший лейтенант Шахов Николай Константинович, штурман старший лейтенант Щербина Алексей Григорьевич, воздушный стрелок-радист старший сержант Терехов Андрей Кондратьевич- в период с 22-00 до 22-08 с двух заходов с высоты 3200м. бомбардировал войска противника в районе Чугуев. После выполнения задания в районе Воронежа экипаж попал в грозовое облако. На высоте 400м. началась сильная «болтанка». При выходе из облака штурмана в кабине не оказалось.

В ночь с 09 на 10 июня экипаж: лейтенант Чурсин Николай Егорович- Щербина,  воздушный стрелок-радист сержант Подчуфаров Николай Семенович в составе десяти бомбардировщиков вылетел на уничтожение материальной части противника на аэродроме Водопой (а 8км. восточнее г.Николаев). Из-за неисправности самолета экипаж сбросил бомбы в 50км. восточнее Белгорода. Возвратился на свой аэродром в 02-25.

В ночь с 10 на 11 июня экипаж Чурсин- Щербина- Подчуфаров в составе трех экипажей бомбардировал аэродром Водопой (а 8км. восточнее г.Николаев). На обратном маршруте, пробивая облачность, вышел в район Мичуринска. Из-за низкой облачности совершил вынужденную посадку. Вылетев 11 июня в 10-40, экипаж вторично потерял ориентировку. Из-за выработки горючего вынужденно сел в районе станции Юрьевка.

13 июня экипаж Чурсин- Щербина, воздушный стрелок-радист сержант Титов Василий Андреевич- в 22-35 бомбили аэродром Ячненье.

15 июня экипаж Чурсин- Щербина- Титов- в 22-45 бомбардировал аэродром Курск.

21 июня экипаж: лейтенант Чернов Александр Дмитриевич, Щербина- Подчуфаров, в 22-15 с высоты 1800м. бомбардировал г.Волчанск.

22 июня экипаж Чернов-  Щербина- Подчуфаров, в период с 22-18 по 22-24 с двух заходов с высоты 1900м. бомбардировал аэродром Чугуев.

23 июня экипаж Чернов-  Щербина- Подчуфаров, в период с 22-35 по 22-38 с двух заходов с высоты 1950м. бомбардировал аэродром Харьков.

24 июня экипаж Чернов-  Щербина- Подчуфаров, в 23-55 с высоты 2900м. бомбардировал аэродром Основа.

28 июня экипаж Чернов-  Щербина- Подчуфаров, в 23-34 с высоты 900м. бомбардировал аэродром Харьков.

В ночь с 29 июня экипаж Чернов-  Щербина- Подчуфаров, в 22-25 с высоты 100м. бомбардировал скопление войск противника на западном берегу р.Тим (юго-восточнее г.Щигры, Курская обл.). Самолет был пойман прожекторами и обстрелян зенитной артиллерией и зенитными пулеметами противника. От попадания осколка самолет вошел в пике. При выходе из пике штурмана Щербины в кабине не оказалось.

Алексей Григорьевич в тот же день был взят в плен. Содержался в лагере Люфтваффе-2. 17 ноября 1942 года отправлен в шталаг XI B Фаллингбостель.

Был освобожден и репатриирован в СССР.