В 1940 году был призван на службу в войска НКВД. Боевое крещение рядовой Шалагинов Н.Д. получил в Карелии, обеспечивая в ходе боевых действий связь штаба фронта со штабом армии.

В октябре 1942 года Николай Дмитриевич направляется для учебы в школу снайперов. После ее окончания был откомандирован в морскую бригаду, которая держала оборону Ладожского озера. Здесь открыл свой лицевой счет снайпера, уничтожив 28 фашистских захватчиков. Затем участвовал в Сталинградском сражении и Орловско-Курской битве. Часть, 
в которой проходил Николай Дмитриевич боевую службу, действовала 
на левом фланге Воронежского фронта, южнее Белгорода. С февраля 1944 года Шалагинов Н.Д. принимает участие в борьбе с бандами бендеровцев 
на территории Западной Украины. В одном из ожесточенных боев Николай Дмитриевич получил в марте 1944 года тяжелое ранение. Усилиями военных медиков сержант Шалагинов Н.Д. был возвращен в боевой строй. Вооруженная борьба с бандами продолжалась. В период Великой Отечественной войны воевал в составе Карельского, Волховского, Первого и четвертого Украинских фронтов, участвовал в освобождении городов Богучары, Старобельска, Славянска и Краматорска. 

За личную отвагу и мужество Шалагинов Н.Д. удостоен 19 правительственных наград, в том числе орден Отечественной войны II степени, медалей «За боевые заслуги», «За оборону Советского Заполярья», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».