Михаил Трофимович Шаболтас закончил Военную Академию командного и штурманского состава ВВС Красной Армии. 13 июля 1941 года был назначен  на должность командира 291 истребительного авиационого полка (ИАП).

      В январе-марте 1942 года принимал участие в контрнаступлении советских войск под Москвой.

     Погиб в боях под Сталинградом (Волгоград) в августе 1942 года, будучи на тот момент командиром эскадрильи 437 истребительного авиационного полка.

     В своем военно-историческом очерке "На главных направлениях" Павел Михайлович Бойков так описывает последний бой майора М.Т.Шаболтас: "Нельзя не вспомнить один из боевых трагических эпизодов. В августе в небе Сталинграда 6 "лавочкиных" - командир эскадрильи майор М. Т. Шаболтас и его подчиненные-лейтенанты А. И. Филиппов, К. Б. Ушаков, старшие сержанты И. Г. Дзера, Н. А. Роденко и В. Т. Шеботак, - прикрывая наземные войска, встретили 18 Ю-88, которые сопровождали 8 Ме-109. Советские летчики сбили в бою 5 "юнкерсов" и не допустили бомбардировщиков к цели. В ожесточенной схватке майор Шаболтас сбил 2 вражеских самолета, но и сам был смертельно ранен. Летчики эскадрильи сопровождали своего командира до аэродрома. Когда к самолету подбежали боевые товарищи, командир 2-й эскадрильи майор М. Т. Шаболтас был мертв."

    Майор М.Т.Шаболтас был похоронен в братской могиле в селе Безродном (ныне город Волжский Волгоградской области). На этом месте в 1975 году к 30-летию Великой Победы на берегу Ахтубы был воздвигнут памятник воинам, погибшим в годы Гражданской и Великой Отечественной войн. Мемориал представляет собой бетонный пьедестал с надписью "Безымянным жертвам войны" и бронзовым венком скорби, от которого идут мраморные плиты с именами героев. На одной из мраморных плит выбито имя - Шаболтас М.Т.