К 1937г. курсант 3-й военной школы летчиков и летчиков-наблюдателей (г.Оренбург).

В июне 1937г. присвоено звание старшина.

С 15 декабря 1937г. пилот 17 разведывательной авиационной эскадрильи.

23 июня 1939г. присвоено звание лейтенант. Назначен младшим летчиком 47 войсковой разведывательной авиаэскадрильи.

С 09 апреля 1940г. летчик-инструктор 167 резервного авиаполк.

С 30 сентяьря 1940г. летчик-инструктор 1 Высшей школы штурманов ВВС КА (г.Рязань).

Служил командиром звена 732 авиаполка Уральского военного округа.

С 21 декабря 1941г. командиром звена 511 авиаполка.

Был тяжело ранен в правую полость груди.

Направлен в 261 бомбардировочный авиаполк.

К 10 августа 1943г. командир звена старший лейтенант Шабашов произвел 28 успешных боевых вылетов, из них 11- оазведывательных.Приказом от 27 августа 1943г. награжден орденом Отечественной войны II степени.

07 сентября 1943г. полк преобразован в 123 гвардейский бомбардировочный авиаполк, присвоено наименование «Ярцевсикй».

К 10 июля 1944г. заместитель командира эскадрильи гвардии ст.лейтенант Шабашов совершил еще 29 успешных боевых вылетов. Приказом от 19 июля 1944г. награжден орденом Красного Знамени..

23 сентября 1944г. присвоено звание капитан.

27 октября 1944г. 3 гвардейская бомбардировочная авиадивизия получила задачу- нанести удар по  артиллерийско- минометным батареям противника в районе Мелениэки. От полка выделено две девятки Пе-2, ведущий- командир полка гв.подполковник Дымченко Василий Иванович.

В 12-40 самолеты начали взлет. Из-за того что аэродром истребителей прикрытия был накрыт туманом, получен приказ- продолжать выполнять задачу, истребители прикрытия подойдут к цели.

Первая девятка наносила удар с горизонтального полета, вторая- с пикирования. В 13-42 после сброса бомб, первая девятка Дымченко  была атакована шестеркой истребителей ФВ-190. Атакам подверглось звено гв.капитана Шабашова Никифора Михайловича (штурман звена гв.лейтенант Островерх Илья Иванович, стрелок-радист стрелок-радист гв.ст.сержант Вернигор Сергей Иванович). Во время третьей атаки самолет Шабашова сделал «горку», после чего перевернулся и начал падение. Спустя 10-15 секунд оба ведомые левого звена загорелись, вошли в крутую спираль и врезались в землю в районе Межени. Остальные шесть самолетов приняли плотный строй и огнем пулеметов не допустили приближения истребителей.