С первых дней войны воевал на Карельском фронте.

С 05 ноября 1942г. в составе 4 инженерно-саперной бригады на Юго-Западном фронте.

К маю 1944г. командир отделения 53 отдельного штурмового инженерно-саперного батальона 11 штурмовой инженерно-саперной бригады.

15 мая началась подготовка к строительству моста через р.Днестр в районе с.Бутор. Отделение под командованием Евгения Антоновича под обстрелами и авианалетами противника работало на сборке паромов. Поставленная задача была выполнена досрочно.

03 июня 1944г. командиром бригады был подписан приказ о награждении сержанта Секун  медалью «За отвагу».

В тот же день в батальоне был сформирован и отправлен в управление бригадой сводный взвод в составе 32 человек под командованием командира взвода 2 роты лейтенанта Косарева Александра Михайловича.

04 июня 1944г. сводный взвод батальона участвовал в торжествах по случаю годовщины образования бригады и вручению Красного Знамени. Том же, Евгению Антоновичу была вручена медаль «За отвагу».

Был назначен старшим писарем штаба батальона. С этого момента постоянно находился в составе оперативной группы батальона, своевременно и точно оформлял приказы и донесения.

Приказом от 20 июня 1945г. старший сержант Секун был награжден орденом Красной Звезды.

Награжден медалью «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

Демобилизован 04 декабря 1945г., направлен из батальона в 200 запасной стрелковый полк. 14 декабря 1945г. в составе команды демобилизованных военнослужащих эшелоном 45584 выбыл на Родину.