На фронте с первых дней войны.

Служил в составе 2 авиационного полка дальних разведчиков.

Осенью 1942г.- зимой 1943г. находился в составе оперативной группы полка, действовавшей с аэродрома Выползово (Бологовский р-н).

К средине февраля 1943г. старший фотограмметрист Секретарев обработал 110 боевых аэрофильмов, 11000 кадров и выполнил 12000 отпечатков.

08 февраля 1943г. полк был преобразован в 47 гвардейский авиационный полк дальних разведчиков.

Приказом от 18 февраля 1943г. гвардии старшина Секретарев был награжден медалью «За боевые заслуги».

К 1945г. Анатолий Михайлович- начальник фотоотделения 98 отдельного гвардейского разведывательного авиаполка. Командир полка гвардии подполковник Звонцов Федор Федорович.

В 1945г. полк вел разведку оборонительных рубежей и передвижения войск противника в Польше, Чехословакии и Германии.

14 апреля 1945г. гвардии лейтенант Секретарев был представлен к ордену Красной Звезды. Приказ о награждении от 12 мая 1945г.

Награжден медалями «За взятие Берлина», «За освобождение Праги», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

Гвардии лейтенант Секретарев был уволен в запас 25 марта 1946г.

В честь 40-летия Победы награжден орденом Отечественной войны II степени.