Война застала отца в г. Баку в период сдачи экзаменов в Бакинском медицинском институте. Весь его выпуск был мобилизован и направлен в воинские части для защиты Родины. Он был направлен в распоряжение Министерства внутренних дел, где прослужил до сентября 1941 года. Затем был направлен в Москву, где получил распределение и был назначен командиром медсанроты 886-го стрелкового полка, входящего в состав 287 стрелковой дивизии. В 1943 году по постановлению правительства начали формировать ударные части, которые находились в распоряжении верховного Главного Командования и направлялись туда, где была необходимость прорывать вражеские укрепления, чтобы дать возможность продвигаться частям Советской Армии. Николая Багратовича назначили начальником санслужбы в 18-й минометной бригаде, входящей в состав 15 артиллерийской дивизии Р.Г.К. прорыва. С этой дивизией он и прошел всю отечественную войну. Данная дивизия участвовала во многих прорывах в составе 1-2-3-го Белорусского фронта, Прибалтийских фронтов, участвовал в прорывах в Брянском, Мценском, Орловском направлениях. В прорыве ряда укрепленных районов в Белоруссии и на Карельском перешейке, г. Выборге, в сильно укреплённых обороняющимися немцами районах  восточной Пруссии, Польше, Эстонии, Литве, Латвии и на территории Германии.

Цитата из воспоминаний отца: "По мере продвижения мы видели, как озверелые немцы, отступая оставляли после себя груды пепла и трупы расстрелянных стариков и детей. Особенно в Белоруссии, в Польше, Брянске, и Прибалтийских республиках. Фашисты уничтожали все на своем пути: культурные национальные ценности, кто видел зверства фашистских извергов, тот никогда не забудет их".

Николай Багратович Саруханов награжден Орденом Красной Звезды, Орденом Отечественной войны II степени, Медалями «За взятие Кенигсберга», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.».