Михаил родился 21 ноября 1914 года в деревне Крюково (ныне Грязовецкого района Вологодской области).

Окончив Сидоровскую семилетнюю школу и областные учительские курсы, с 1931 по 1935 год работал учителем Паршинской начальной школы. Затем счетоводом колхоза имени Ворошилова в своем районе.

В 1936 году был призван в ряды Красной Армии. В 1940 году М. А. Самарин окончил Ярославское военно-хозяйственное училище Рабоче-Крестьянской Красной Армии (ныне Военная финансово-экономическая академия), получив звание лейтенант-интендант, и стал в нём преподавать.

С первых дней Великой Отечественной войны лейтенант Самарин подал несколько рапортов с просьбой направить его на передовую. После окончания курсов «Выстрел» он в конце 1942 года направляется на фронт. В действующую армию Самарин попал в феврале 1943 года. Вначале был заместителем командира, потом командиром батальона 983-го стрелкового полка 253-й стрелковой дивизии.

22 сентября 1943 года батальон Самарина, под прикрытием артиллерии, начал форсирование реки Днепр. Капитан М. А. Самарин, первым переправившись со своим подразделением, повёл его в атаку и оттеснил противника, создав плацдарм для дальнейшего наступления советских войск. Несмотря на неоднократные, ожесточённые атаки противника, его батальон прочно удерживал занятый рубеж.

10 октября 1943 года М. А. Самарин погиб в бою. Похоронен в братской могиле у школы села Ходорово Киевской  области.

Награды: Герой Советского Союза (29 октября 1943, посмертно).

Орден Ленина.

Орден Отечественной войны 2-й степени (1943).

Приказом министра обороны СССР от 3 февраля 1970 года имя капитана М. А. Самарина навечно занесено в списки Ярославского военного училища имени А. В. Хрулёва.

Имя героя присвоено Паршинской начальной школе. Пионерская дружина Лежской средней школы Грязовецкого района носила звание Героя до прекращения существования организации.

Одна из улиц в городе Грязовце Вологодской области носит имя М. А. Самарина.

20 апреля 1971 года Министерством связи СССР был выпущен художественный маркированный конверт с портретом Героя Советского Союза М. А. Самарина.