На фронте с первых дней войны по октябрь 1941г. Совершил 72 боевых вылета штурманом самолета ДБ-4 (Ил-4), из них, 4 вылета на Берлин, 6- на Данциг, 8- на Кенигсберг, 3- на Плоешти.

В ночь с 21 на 22 ноября 1941г. в составе девятки СБ участвовал в бомбардировке Кенигсберга. На обратном маршруте самолет был атакован 6 истребителями Ме-110 (Мессершмитт). В воздушном бою Иван Григорьевич сбил один истребитель. Был тяжело ранен в грудь, дважды терял сознание, но указывал курс пилоту и привел самолет на свой аэродром.

Был дважды легко ранен в правую ногу.

С 27 декабря 1941г. на Северо-Западном фронте в составе сформированного 624 скоростного бомбардировочного авиаполка. Полк имел на вооружении самолеты СБ, вел боевую работу в районах Старой Руссы и Демянска.

К июню 1942г. стрелок-бомбардир старший лейтенант Сафонов совершил 128 боевых вылетов, 90 из которых- ночью.

Приказом от 13 августа 1942г. был награжден орденом Красного Знамени.

Всего на самолете СБ в качестве стрелка-бомбардира произвел 100 боевых вылетов, в качестве пилота- 35.

Прошел обучение на пилотирование штурмовика Ил-2.

С февраля 1944г. в составе 118 гвардейского штурмового авиаполка. Полк базировался в Псковской области..

Полк вел боевую работу в районах Новоржева, Пушкинских Гор, Пустошки, Опочки, Новосокольников, Идрицы.

К апрелю 1944г. командир эскадрильи гвардии капитан Сафонов выполнил 25 успешных боевых вылетов. Приказом от 30 апреля 1944г. был награжден вторым орденом Красного Знамени.

Полк участвовал в наступление на витебско-полоцком направлении, в Режицко-Двинской и Рижской наступательных операций, принимал участие в освобождение столицы Латвийской ССР города Риги.

В сентябре 1944г. гвардии майор Сафонов был назначен старшим штурманом 225 штурмовой авиационной Рижской дивизии.

Приказом от 20 октября 1944г. был награжден орденом Отечественной войны I степени.

С октября 1944г. дивизия участвовала в блокирование Курляндской группировки противника в составе 2-го Прибалтийского фронта.

С сентября 1944г. по январь 1945г. Иван Григорьевич выполнил 28 успешных боевых вылетов.

С 18 марта по 27 апреля 1945 года полк переучивался и перевооружался на самолеты Ил-10 в г. Куйбышев и 43-мя экипажами перелетел на аэродром Вегеряй-2.

С января по апрель 1945г. проходил переучивание на самолет Ил-10.

25 апреля 1945г. был представлен к ордену Красного Знамени. Приказ о награждении от 09 мая 1945г.

Совершил 77 боевых вылетов на самолете Ил-2 и 2 на Ил-10.

10 мая 1945г. гвардии майор Сафонов был представлен к званию Герой Советского Союза. 09 июня представление поддержал командующий Ленинградским фронтом маршал Говоров Леонид Александрович. Приказом от 02 декабря 1945г. Иван Григорьевич награжден орденом Суворова III степени.

18 мая 1945г. был представлен к ордену Александр Невского. Приказ о награждении от 21 июля 1945г.

Награжден медалью, «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

Служил в морской авиации.

За долголетнюю и безупречную службу в 1947г. был награжден медалью «За боевые заслуги», в 1953г.- орденом Красной Звезды.

Гвардии подполковник Сафонов был уволен в запас 13 октября 1959г.

В честь 40-летия Победы награжден орденом Отечественной войны I степени.