С началом Великой Отечественной войны Авксентий Цезаревич отправляется на фронт добровольцем. Огромную работу он провел в блокадном Ленинграде по восстановлению здоровья раненых бойцов. Учитывая опыт и профессиональные достижения, его назначают в медицинскую службу, вначале методистом, позже начальником отдела (кабинета) лечебной физкультуры. Здесь ему пригодился, как мы предполагаем, опыт отца-дантиста и свои, уже очень значительные, наработки в области лечебной физической культуры и восстановления.
О его работе в военные годы сохранилось не так много информации, он сам, как и про годы Гражданской войны, не стремился об этом рассказывать. Очень интересным свидетельством стал документ, найденный нами в архиве проекта «Подвиг народа». Приказом от 06.12.1943 А.Ц. Пуни, уже начальник кабинета лечебной физкультуры эвакогоспиталя №1860, был награжден Орденом Красной Звезды.