С 30 июля 1941г. га Западном фронте. В составе 1005 стрелкового полка 279 стрелковой дивизии.

Легко ранен в ноябре 1941г. при обороне Тулы.

Тяжело ранен в декабре 1941г. под Калугой.

В сентябре  1942г. назначен Начальником обозно-вещевого снабжения 510 стрелкового полка 154 стрелковой дивизии.

20 октября 1942г. дивизии присвоено звание «гвардейская», переименована в 47 гвардейскую. 510 стрелковый полк был переименован в 510 гвардейский, в начале 1943г.- в 142 гвардейский.

В ноябре 1942г. дивизия вела бои в Серафимовическом и Перелазовском районах Сталинградской области.

Приказом от 15 декабря 1942г. Семен Семенович был награжден орденом Красной Звезды.

06 апреля 1943г. назначен помощником командира полка по снабжению.

В июле 1943г. полк в составе дивизии вел наступательные бои в районе высоты 125,0 (Пролетарский р-н, Ворошиловградская обл.), в августе- в районе Тихоцкий (Изюмский р-н, Харьковская обл.). В сентябре- в Днепропетровской области. Форсировала р.Северный Донец. В октябре-декабре продолжал наступление в Днепропетровской области.

07 декабря 1943г. гвардии капитан Пронин был представлен к ордену Отечественной войны II степени. Приказ о награждении от 29 марта 1943г.

Награжден медалью «За оборону Москвы».

Легко ранен в августе 1944г. при форсировании р.Висла.

С 14 по 18 января 1945г. полк участвовал в прорыве глубоко эшелонированной обороны противника на западном берегу р.Висла на Лодзенском направлении. Продолжая наступление полк вышел к р.Одер, форсировал реку и вышел на плацдарм западного берега.

23 февраля 1945г. гвардии майор интендантской службы Пронин был представлен к ордену Отечественной войны I степени. Приказ о награждении от 27 марта 1945г.

16 апреля 1945г. полк в составе дивизии начал прорыв обороны противника на плацдарме западного берега р.Одер, с последующим наступлением на Берлин.

Приказом от 18 июня 1945г. Семен Семенович был награжден орденом Красного Знамени.

Награжден медалями «За освобождение Варшавы», «За взятие Берлина», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг».

За долголетнюю и безупречную службу в 1955г. награжден медалью «За боевые заслуги».

Уволен в запас 07 июля 1956г. гвардии подполковник интендантской службы.