Женя Прохорова, работая на Первом государственном подшипниковом заводе, в 1934 году обратилась в комитет комсомола с просьбой направить ее учиться летному делу. Просьба была удовлетворена.

В 1935 году Евгения Прохорова поступает на работу в ЦИАМ в лабораторию испытаний авиадвигателей. При институте был аэроклуб, в котором Женя продолжила обучение летному делу. В 1936 году получила свидетельство, дающее ей право летать и обучать курсантов.

В 1940 году она принимала участие в состязаниях планеристов. На планере «Рот-Фронт»7 установила два международных рекорда – высоты (3396 м) и дальности (343 км).

В 1941 году Герой Советского Союза Марина Раскова начала формирование женской авиационной части. Как опытный летчик Е.Ф. Прохорова принимала в этом активное участие. Она в короткий срок овладела искусством управления самолетом-истребителем Як-1.

Полеты на боевые задания проводились днем и ночью. В один из ночных вылетов Жени Прохоровой и ее подруги Леры Хомяковой в небе над Саратовом ими был сбит самолет противника Юнкерс-88.

3 декабря 1942 года при сопровождении самолета, выполнявшего особо важное задание, командир 2-й истребительной эскадрильи 586-го женского авиационного полка Евгения Прохорова погибла.