К июню 1941г. старший сержант Попов в составе 93 дальнего бомбардировочного авиаполка 18 авиадивизии дальнего действия. Командир полка полковник Курочкин Александр Филиппович. Полк имел на вооружении самолеты ДБ-3ф, базировался на аэродроме Скоморохи у г.Бердичев. В июне полк базировался в летних лагерях Журбинцы (в 16км. северо-восточнее г.Бердичев).

22 июня 1941г. полк был поднят по тревоге и приведен в боевую готовность №2. Самолеты полка были распределены по оперативным аэродромам- 1 и 2 авиаэскадрильи (АЭ)- Бровки, 3 АЭ- Лещин, 4 и 5 АЭ, штаб полка- Журбинцы.

23 июня 1941г. 9 самолетов 1 АЭ (в 05-29) и 7 самолетов 4 АЭ (в 05-46) вылетели на уничтожение мотомеханизированных частей и танков противника на дорогое Грубешов (Польша) через Владимир-Волынский на Луцк.

9 самолетов полка в 19-50 вылетели на уничтожение заводов в г.Краков.

24 июня полк боевых вылетов не производил.

Следующие дни боевой работы полка: 25, 26, 27, 28 и 30 июня, 01, 02, 03, 04, 06, 07, 08 июля. 

09 июля 1941г. утром самолеты полка бомбили скопления танков противника в районе г.Новоград-Волынский (Ярунь, Орены, Рогачев, Каменный Брод).

В 17-05 самолеты трех эскадрилий вылетели на бомбардировку танков противника в районе г.Полонное (Мирополь, Чертория). В 18-20 сбросили бомбы. При выходе от цели группа самолетов 3 АЭ была атакована 5 истребителями Ме-109 (Мессершмитт). В воздушном бою были сбиты 3 истребителя. С боевого задания экипажи 3 АЭ не вернулись.

Экипаж: командир звена капитан Пистер Семен Георгиевич, стрелок-бомбардир младший лейтенант Зубок Евгений Михайлович, воздушные стрелки-радисты старший сержант Попов Ермил Макарович и сержант Чумаков Николай Александрович, в воздушном бою сбив один истребитель противника, был сбит. Экипаж покинул горящий самолет. Сержант Чумаков подобрал раненого капитана Пистера и сумел перейти линию фронта.  Сладший лейтенант Зубок попал в плен (или скрывался на оккупированной территории) был освобожден в конце 1943г.

Сержант Попов числится пропавшим без вести.