Окончил школу младших авиаспециалистов (ШМАС),

Возможно, к началу войны служил в составе 50 скоростного бомбардировочного авиаполка 4 смешанной авиадивизии.

К началу августу 1941г. в составе 13 скоростного бомбардировочного авиаполка (ближнего бомбардировочного авиаполка) 4 авиадивизии. Полк имел на вооружении самолеты Су-2 и Пе-2. Командир полка- капитан Богомолов Василий Павлович, военный комиссар полка старший политрук Михайлов Леонид Васильевич.

Стрелок-радист в экипаже младшего лейтенанта Оноприенко Георгия Евгеньевича.

С 03 августа полк вел боевую работу.

Степан Павлович участвовал в бомбардировке войск противника в районах Сущево, Замятино, Духовщина, Воротыжино; на железнодорожных станциях Ярцево, Кардымово, Колодня; на аэродромах южнее Смоленска. 

К 26 сентября 1941г. старший сержант Попков выполнил 25 боевых вылетов. Был представлен к ордену Красного Знамени, приказом от 02 ноября 1941г. был награжден орденом Красной Звезды.

С сентября 1942г. в составе 4 дальнего разведывательного авиационного полка (командир- майор Берман Семен Давидович, военком- батальонный комиссар Артемьев Борис Павлович). 

В январе 1943г. командование полком принял подполковник Артемьев.

17 июня 1943г. полк был преобразован в 98 отдельный гвардейский разведывательный авиаполк.

02 мая 1944 экипаж самолета Пе-2: младший лейтенант Козлов Василий Ильич, летнаб гвардии старший лейтенант Саркисян Николай Дмитриевич, стрелок-радист гвардии старшина Попков, вылетев с аэродрома Соловье- задание по разведке в районе Подгайцы выполнил частично (причина не указана).

10 мая экипаж Козлов, Саркисян, Попков выполнил разведку в районах Станислав- Живачув- Бугач.

12 мая экипаж Козлов, Саркисян, Попков выполнил разведку в районах Подгайцы- Галич.

15 мая экипаж Козлов, Саркисян, Попков выполнил разведку в районах Станислав- Ходоров. был атакован 4 истребителями ФВ-190 (Фокке-Вульф). Пикированием с 6000 до 3000 метров сумел оторваться от преследователей.

05 октября 1944г. командиром полка был назначен гвардии подполковник Звонцов Федор Федорович.

За время войны гвардии старшина Попков совершил 23 успешных боевых вылета на разведку. Приказом от 09 июня 1945г. был награжден орденом Отечественной войны II степени.