На протяжении всей Отечественной войны служил в лечебных  учреждениях ВВС Северного флота. Последние 2,5 года до окончания ВОВ работал начальником зубопротезного кабинета 71 Военно-морского госпитала Северного флота. За данный период обслужил врачебной помощью 10 000 раненых и больных лётно-технического состава, бойцов, офицеров и других частей Северного флота. В стационаре госпиталя проводит лечения с челюстно-лицевыми ранениями. Помимо работы в госпитале капитан медицинской службы Пономаренко А.Н. выезжал непосредственно в части ВВС, оказывая врачебную помощь и проводив профилактику болезней зубов летному составу. Будучи парторгом госпиталя  Пономаренко А.Н проводил партийно-воспитательную работу среди личного состава госпиталя и больных. Преданная работа по оказанию зубо-протезной и стоматологической помощи в ВВС СФ на протяжении всей Отечественной войны, умелая постановка партийно-политической работы, культурно-политический рост личного состава госпиталя, укрепление дисциплины и порядка в госпитале, непрерывное улучшение ухода и обслуживания раненых и больных в определенной мере обусловлены политической работой, проводимой тов. Пономаренко А.Н.