После окончания Мелитопольской военной авиационной школы стрелков-бомбардиров служил в составе 59 ближнего бомбардировочного авиаполка (на Дальнем Востоке).

Возможно, в октябре 1943г. был направлен в Военное авиационное училище разведчиков ВВС Красной Армии (ВАУР), г.Давлеканово (Башкирия). В училище готовили экипажи самолетов-разведчиков. Петр Афанасьевич проходил подготовку в одном экипаже с летчиком Олихневич Деомидом Григорьевичем.

Летом 1944г., после окончания училища, экипажи Аносов Григорий Павлович- Левины Александр Семенович, Халуев Василий Иванович- Данилов Анатолий Иванович, Олихневич Деомид Григорьевич- Пирогов Петр Афанасьевич,  были направлены в состав 98 отдельного гвардейского разведывательного авиационного полка (командир полка подполковник Артемьев Борис Павлович).

05 октября 1944г. командиром полка был назначен гвардии подполковник Звонцов Федор Федорович.

15 октября экипаж самолета Пе-2 №35: летчик гвардии младший лейтенант Лузгин Алексей Андреевич, летнаб (летчик-наблюдаталь) младший лейтенант Пирогов, воздушный стрелок-радист старший сержант Еникеев Рахмед Гарифович, вылетев с аэродрома Лабуне (Польша), выполнил разведку в районах Радом- Томашув Мазовецкий- Каменка- Островец. Трижды был обстрелян зенитной артиллерией.

27 октября экипаж Лузгин, Пирогов, воздушный стрелок-радист гвардии старший сержант Киняев Николай Иванович выполнил разведку железнодорожных узлов в районах Томашув-Мазовецкий- Опочно.

18 ноября экипаж самолета Пе-3-Бис №47: летчик лейтенант Олихневич, летнаб гвардии младший лейтенант  Пирогов Петр Афанасьевич, выполнил разведку в районах Велюнь- Прошка- Плавно. При встрече с истребителями Ме-109 (Мессершмитт), ушел пикированием.

Следующие боевые вылеты экипажа Олихневич, Пирогов: 25 ноября, в декабре- 02 (в районы Лодзь- Радом), 15, 18 (был атакован парой Ме-109, ушел в облака), 22 ( в районы Опочно- Ченстохова), 23 (Опочно- Бреслау, в районе Радом был атакован парой истребителей ФВ-190 (Фокке-Вульф), ушел пикированием), 

06 января 1945г. экипаж самолета Пе-2 №35: летчик гвардии лейтенант Олихневич, летнаб гвардии младший лейтенант Пирогов, воздушные стрелок-радист гвардии старший сержант Бельский Иван Захарович- выполнил разведку в районах Кельце- Ченстохова- Радомско- Вежбица. 

16 января экипаж Олихневич, Пирогов (с аэродрома Ежове) выполнил разведку в районах Коньске- Калиш.

Следующие боевые вылеты экипажа Олихневич, Пирогов: в январе- 17, 19 (с аэродрома Рытвяны), 20 ( в районы Бреслау- Оппельн, дважды преследовался группами истребителей, оба раза ушел от атак и выполнил задание), 21, 24, 30 (с аэродрома Боровно в районы Бреслау- Лейпциг); в феврале- 02, 03 (в районы Прага- Брно).

К 09 февраля гвардии младший лейтенант Пирогов совершил 21 успешный боевой вылет. Приказом от 10 апреля 1945г. был награжден орденом Отечественной войны II степени.

19 февраля экипаж самолета Пе-3 №44 Олихневич, Пирогов произвел фотографирование Бреслау.

С марта полк базировался на аэродроме Любен (совр. Либен, Польша).

20 февраля экипаж самолета Пе-3-Бис №41: летчик гвардии лейтенант Рогачев Иван Семенович, летнаб Пирогов, с аэродрома Рудники, выполнил разведку в районах Прага- Пардубице Брно. 

21 февраля экипаж самолета Пе-3-бис № «звезда» Лузгин, Пирогов выполнил разведку в районах Нейссе- Гиршберг- Прага- Пардубице- Брно.

С марта полк базировался на аэродроме Любен (совр. Либен, Польша).

15 марта экипаж: летчик гвардии лейтенант Быков Алексей Матвеевич, летнаб Пирогов выполнил разведку в районах Брно- Пардубице- Нейссе.

16 марта экипаж Быков, Пирогов выполнил разведку в районах Брно- Вена- Братислава.

В тот же день, 16 марта экипаж летчик Халуев, летнаб  Пирогов- выполнил разведку в районах Фюрстенберг- Форст- Герлиц.

20 марта экипаж Быков, Пирогов выполнил разведку в районах Брно- Нейссе. 21 марта- Братислава—Вена. 22 марта произвел фотографирование западного берега р.Нейссе от устья до г.Герлиц. 23 марта- разведку районов Пардубице- Брно.

Вторым вылетом (23 марта) экипаж самолета Пе-2 №35: летчик Олихневич, летнаб Пирогов, воздушный стрелок-радист старший сержант Еникеев Рахмед Гарифович- выполнил разведку в районах Либерец- Крнов.

24 марта 1945г. экипаж Олихневич, Пирогов, воздушный стрелок-радист гвардии старший сержант Коваль Иван Романович, выполнил разведку в районах Дрезден- Циттау- Либерец. В районе Либерец сбросил 100000 листовок.

25 марта экипаж Быков, Пирогов выполнил разведку в районах Пардубице- Брно. 26 марта- Брно- Братислава- Вена- Пардубице.

К 16 апреля гвардии лейтенант Пирогов совершил 38 успешных боевых вылетов. Был представлен к ордену Отечественной войны I степени, приказом от 12 мая 1945г. награжден орденом Красной Звезды.

Награжден медалями «За взятие Берлина», «За освобождение Праги», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».