В 1937г. окончил среднюю школу..

С 25 ноября 1939г. курсант 2-й авиаэскадрильи Харьковского военного авиационного училища летнабов и штурманов.

23 января 1940г. принял военную присягу.

28 ноября 1940г., по окончанию училища, присвоено звание младший лейтенант. Назначен младшим летнабом (летчиком-наблюдателем) 208 скоростного бомбардировочного авиаполка.

В полк прибыл в составе группы выпускников Харьковского военного авиационного училища летнабов и штурманов.

Пол базировался на аэродроме г.Калинин. Находился в стадии формирования. Формирование полка окончено в феврале 1941г.

К началу войны полк входил в состав 46 авиадивизии ВВС Московского военного округа.

18 июня 1941г. полк перебазировался на аэродром Клиново (в 4км. юго-западнее г.Старица). Состоял из 5 авиаэскадрилий, имел на вооружении 52 самолета СБ.

В первые дни войны в полк из 1 учебного полка Академии командно-штурманского состава ВВС Красной Армии была передана одна эскадрилья в составе 9 самолетов СБ.

30 июня 1941г. полк приступил к боевой работе.

В период с 30 июня по 14 июля 1941г. полк потерял 55 самолетов.

С 13 февраля 1943г. младший лейтенант Пекарчук служил в составе 44 запасного авиаполка 27 запасной авиационной бригады авиации дальнего действия.

С 08 июня 1943г. Анатолий Степанович стрелок-бомбардир в составе 7 запасного авиаполка 27 запасной авиационной бригады авиации дальнего действия.

04 июля 1943г. в авиакатастрофе погиб экипаж: пилоты- младший сержант Самохвалов Александр Иванович и сержант Сафонов Борис Александрович, стрелок-бомбардир младший лейтенант Пекарчук Анатолий Степанович, воздушный стрелок-радист сержант Тавлай Александр Павлович, воздушный стрелок Шаповалов Георгий Георгиевич..

Экипаж был похоронен у моста через р.Урал в г.Уральск, Западно-Казахстанская обл.