C началом Великой Отечественной войны был в должности старшего помощника инспектора пехоты Дальневосточного фронта, г.Хабаровск. В августе 1941 г. назначен начальником штаба 6-й отдельной стрелковой бригады Дальневосточного фронта, с сентября назначен на должность начальника штаба Ворошиловской стрелковой дивизии. В ноябре 1941 г. переведен на должность начальника штаба бригады морской пехоты Амурской военной флотилии, с марта 1942 г. командовал этой бригадой. В октябре 1942 г. назначен зам. комнадира39-й стрелковой дивизии, входившей в состав 1-й Краснознаменной армии. ЕЕ части занимались боевой и политической подготовкой, укреплением приграничных рубежей, подготовкой резервов для действующей армии. В марте 1943 г. назначен врио. командира 246-й курсантской стрелковой бригады. С 22 ноября 1944 г. – командир 363-й стрелковой дивизии, сформированной на базе 95-й и 246-й отдельных стрелковых бригад в г.Шмаково. В ходе Советстко-японской войны с 9 августа 1945г. дивизия под его командованием в составе 35-й армии 1-гоДальневосточного фронта принимала участие в Маньчжурской и Харбино-Гиринской наступательных операциях. В хутоуссо-мишаньских боях дивизия наносила главный удар в направлении Павлофедоровка, Малый Хунанган.В трудных условиях местности дивизия под командованием Печененко С.Д. без потерь форсировала р.Сунгач и быстро вышла на плато, овладев Малым Хунанганом. Отличительной чертой в действиях дивизии была быстрота передвижения ее частей и подразделений, прекрасная оперативно-тактическая проработка всей операции. Приказом от 19.09.1945 г. Верховного главнокомандующего И.В.Сталина за отличие в боях против японских войск на Дальнем Востоке при форсировании р. Уссури, прорыве Хутоусского, Мишаньского, Пограничненского и Дуннинского укрепрайонов 363-я стрелковая дивизия получила почетное наименование «Уссурийская», а ее командир награжден орденом Суворова 2-й ст. (26.08.1945) После войны Печененко С.Д. продолжал командовать этой дивизией в Приморском Военном Округе, с февраля 1946 г. назначен на должность зам. начальника Управления боевой подготовки штаба этого округа. В сентябре был прикомандирован к военной академии им. М.В.Фрунзе для использования на преподавательской работе и с 26 ноября был старшим преподавателем академии. С января 1947 г. был Инспектором Инспекции стрелковых войск Главной инспекции сухопутных войск. В марте 1948 г. переведен в военно-политическую академию им. В.И.Ленина, где был старшим преподавателем, а с ноября 1951 г. – зам. начальника кафедры общей тактики. С февраля 1955 г. переведен старшим преподавателем оперативно тактической подготовки Военной академии им. Фрунзе. 5 января 1957 г. уволен в отставку. Награжден орденом Ленина, двумя орденами Боевого Красного Знамени, орденом Суворова второй степени, многочисленными медалями.