С 11 июня 1941г. курсант 1 Чкаловской военной авиационной школы пилотов им. К.Е.Ворошилова. 29 июня принял военную присягу. После окончания школы присвоено звание младший лейтенант.

С 22 апреля 1943г. пилот 1 запасной авиабригады Уральского военного округа.

18 июля 1943г. прибыл в 7 гвардейский штурмовой авиаполк. Летчик самолета Ил-2. С 1 сентября 1943г.- старший летчик.

17 сентября 1943г. выполнял задание в паре как «охотник». Уничтожил 1 баржу и 2 автомашины противника.

К концу сентября 1943г. выполнил 17 боевых вылетов. Приказом от 02 октября 1943г. гвардии мл.лейтенант Пауков награжден орденом Красной Звезды.

29 декабря 1943г. присвоено звание лейтенант.

26 января 1944г. при возвращении с боевого задания на Креченском полуострове, самолет был обстрелян зенитной артиллерией противника. Самолет загорелся, летчик совершил вынужденную посадку. Летевший в качестве воздушного стрелка адъютант эскадрильи гвардии ст.лейтенант Рогоза Прокофий Данилович, выпрыгнув из горящего самолтеа, бросился к кабине летчика, чтобы спасти его. В любую секунду могли взорваться бензобаки, сумев открыть заклинившую кабину, стрелок вытащил Сергея Петровича, но он был уже мертв.