На фронте с 15 октября 1943г.

Был ранен 30 ноября 1943г.

С января 1944г. в составе 390 отдельного пулеметно-артиллерийского батальона (ОПАБ) 152 укрепленного района.

К июню 1944г. командир стрелкового взвода 3 роты.

23 июня 1943г. при прорыве немецкой обороны в районе д.Бабиновичи (Лиозненский р-н, Витебская обл.) во главе взвода коротким броском преодолел инженерные заграждения и ворвался в траншею противника. В траншейном бою взвод уничтожил оборонявшихся гитлеровцев, подавил 3 огневые точки. Федор Федорович был ранен, но остался в строю и вел взвод вслед отступающего врага. Получил второе ранение, после которого был эвакуирован с поля боя. 

Лейтенант Панкратенко был представлен к ордену Красной Звезды, приказом по 3 Белорусскому фронту от 27 июля 1944г. был награжден орденом Богдана Хмельницкого III степени. 

28 июля 1944г. из госпиталя легкораненых ГЛР 545 направлен 63 отдельный полк резерва офицерского состава.

В 1945г. был ранен в составе 1311 стрелкового полка.

До 05 мая 1945г. находился на излечении в эвакогоспитале ЭГ 2856. Был переведен в госпиталь г.Горький.