Анатолий Никифорович Пахомов родился 23 августа / 5 сентября 1909 года в селе Белая Глина Медвежинского уезда Кубанской области (ныне это Краснодарский край), в семье учителя, ставшего священником. 

В 1928 году Анатолий выехал в Краснодар, где окончил Машиностроительный техникум, получив диплом чертёжника-конструктора. Но даже в период учёбы, он не оставлял своего музыкального увлечения, подрабатывая пианистом аккомпаниатором в различных учреждениях культуры. В поисках достойного заработка и дальнейшего совершенствования своего творческого потенциала Анатолий Пахомов переехал в Сталинград (Волгоград). На одном из заводов он реализует себя по специальности, устроившись в качестве инженера-теплотехника, а творческая деятельность осуществляется им в качестве концертмейстера  вокальной группы и руководителя оркестром. Вначале 1930-х годов инженер и композитор Пахомов знакомится с поэтом, заслуженным деятелем искусств РСФСР, Борисом Львовичем Аглинцевым, руководителем Сталинградского «народного» драматического театра. Совместная работа увлеченных людей рождает творческий и весьма успешный дуэт. Так, с первых дней начала Великой Отечественной войны, созданные ими хоровые произведения патриотического содержания стали звучать по радио, а написанные стихи печатались в газете  «Сталинградская Правда». В сентябре 1941 года Анатолий Никифорович был мобилизован в Красную Армию и отправлен служить на Украину. На одном из засекреченных заводов под № 221, производившим авиабомбы, он служил и работал. В августе 1942 года при бомбёжке города, где жили супруги Пахомовы, Анатолий Никифорович был ранен и взят немцами в плен. 

Близ города Дебальцево, в товарном вагоне, где находились Пахомовы вместе с другими пленными, от истощения умирает Мария Дмитриевна Пахомова (1886-1942), мать Анатолия. Несмотря на ранение и другие физические немощи Анатолий Никифорович вместе с дочерью принимает решение бежать. Только чудо спасло его уйти от этапа. Но тогда же супруги Пахомовы потеряли друг друга. Только спустя годы Анатолий и Нина выяснили, что оба выжили в те страшные военные годы. Вот только у Нины Якимовны к тому времени была уже другая семья.

А далее Анатолий добрался до своей малой родины Белой Глины, где после освобождения из лагеря служил священником его отец, но вскоре в село пришли немцы и Пахомовы (Анатолий с дочерью) были вынуждены вновь искать себе прибежище. Дороги вновь привели их на Украину. 

Начиная с февраля 1943 года, открывается новая страница жизни Анатолия Никифоровича, связанная со служением Церкви. Его приняли на должность псаломщика в Успенский храм села Новая Прага Долинского района Николаевской области. Это был переломный период Великой Отечественной войны. Несмотря на то, что всё ещё продолжались гонения на верующих, и кругом была полная разруха и голод, будущий пастырь, помня подвиги своего отца-священника,  принимает ответственное решение посвятить свою дальнейшую жизнь служению Богу, Церкви и людям. В   апреле 1943 года Анатолий Никифорович был рукоположен в сан священника. Позднее отец Анатолий был направлен в Петропавловский храм села Матвеевка, где он прослужил  с 1944 по 1947 гг. Благодаря его усилиям в самые сжатые сроки была организована крепкая приходская община. С заботой о благолепии церкви, его искренность и пастырская любовь к прихожанам, готовность услышать и помочь, мягкость характера помогли молодому батюшке правильно решить поставленные задачи и дойти до цели. Этой целью было возрождение религиозной жизни на селе.  Под руководством отца Анатолия помогали приходу и сельчане, стараясь с любовью обновить и отреставрировать свой святой храм. 

Усилиями батюшки удалось организовать в селе сбор средств, поступивших в фонд формирования танковой колонны имени Димитрия Донского, созданной по инициативе Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Сергия. 

Кроме этого Петропавловский приход занимался и социальным служением, бескорыстно работая в двух подшефных военных госпиталях, размещённых близ села Матвеевки. 

Спустя годы, после окончания Второй Мировой войны заслуженный протоиерей Анатолий Пахомов был отмечен государственной наградой, медалью «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.». 

В 1983 году Советским комитетом защиты мира с формулировкой «За активную деятельность в движении сторонников мира» маститый  священнослужитель был награждён Почётной грамотой. 

В послевоенные годы,  отец Анатолий в течение многих десятилетий служил в храмах Ставропольской епархии. Был награжден высокими церковно-иерархическими наградами, возведен в сан протоиерея. С 1990-х годов проживал в Новоуральске. Скончался 29 мая 2001 года. Погребен на «старом» участке «нового» кладбища в поселке Верх-Нейвинск. Увековечен в «Книге Памяти участников Великой Отечественной войны Новоуральского городского округа».