Война вошла в судьбу Бориса Отарова на следующий день после получения диплома Московского Университета и выпускного бала. Только что накануне они с однокурсниками по традиции гуляли по Москве, а уже в полдень 22 июня 1941 услышали объявление о вероломном нападении гитлеровской Германии на СССР.

Всего через 2 недели после объявления войны 25-летний Борис Отаров – в частях действующей Красной Армии. С 6 июля 1941 года начинается отчет его военных дней длиною в долгие 5 лет. Хотя ему, как знающему в совершенстве немецкий, предлагали службу в штабе, он отказался, попросившись в разведку.

Впереди были лихие военные годы, о которых сам Борис Сергеевич рассказывал очень редко и немногословно, объясняя это невозможностью словами передать все ужасы и переживания одной из самых жутких трагедий ХХ века.

За всю войну Борис Сергеевич воевал в составе 6 фронтов: Калининского, Западного, Сталинградского, Южного 2-го т Южного 3-го фронтов, а в конце войны с 1944 по 1945 г. – в составе Украинского фронта.

Отаров был награжден Орденом Красной Звезды, Орденом Отечественной войны II степени, медалями за освобождение Одессы, Николаева, Херсона, за Оборону Сталинграда, за взятие Будапешта и Вены, за Победу над Германией.

За 5 военных лет Борис Сергеевич был командиром взвода разведки, командиром взвода связи, помощником начальника оргпланового отдела стрелковой дивизии, заместителем командира отдельного артиллерийского самоходного дивизиона, приравненного к полку. Отаров был везде на руководящих должностях, будучи при этом беспартийным. А в 1943 г. ему было присвоено звание гвардии капитана, в котором он и был демобилизован.

Люди, знавшие Бориса Сергеевича, знали о его незаурядных организаторских способностях, а то, что на войне он всегда был на командных должностях, говорит о его таланте стратега и тактика.

Во время Миусской наступательной операции летом 1943 г., когда советские войска разгромили донбасскую группировку гитлеровцев и не пропустили с этого направления ни одной немецкой дивизии на Курск, неся при этом огромнейшие потери, Отарова выбросило из танка и засыпало землей. Сколько времени он пролежал под землей, не известно. Когда же его случайно обнаружили и откопали, думали, что он мертв. Оказалось, вырытый из земли молодой боец с выбитыми зубами и лысый находился в коме. В госпитале он долго не мог прийти в сознание. А когда пришел в себя, заболел, на сей раз брюшным тифом…