1 августа 1941 года Новиков Степан Михайлович был призван на военную службу и проходил службу в транспортном батальоне в должности рядового.

С 1 августа 1941 года по 25 августа 1945 года он прошел всю войну при воинской части  № 29773 в 645 транспортном батальоне 1-ой Воздушной Армии.  Был рядовым и по состоянию здоровья выполнял подсобные работы в транспортном батальоне. С августа 1941 года по январь 1942 года был на сооружении окопов от г. Ржева  и  до Москвы. А затем прошел от Москвы до Кенигсберга (ныне Калининград).

От командования воинской части  № 29773 получал много благодарностей. Награжден медалью  «За боевые заслуги» и юбилейными медалями «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 г.г.» и «XXX лет победы в Великой Отечественной войне 1941-1945 г.г.»