Рядовой Великой Отечественной войны, он был призван Зимовниковским РВК 28 августа1941года. Принимал  участие в боях 43 Армии Первого Прибалтийского фронта, где за то, что в боях в районе Корбен, принимая активное участие в отражении контратак, уничтожил шесть гитлеровцев, а 20.02.1945г. был награжден медалью «За отвагу». Воевал в 366 Стрелковом полку 126 Стрелковой дивизии 43 Армии 3-го Белорусского фронта. На сайте «Подвиг народа», о нем сказано так: «В уличных боях за Кенигсберг с 8 по 10.04.1945г. товарищ Никоненко проявил мужество и отвагу. Под сильным артиллерийским и ружейно-пулеметным огнем, он доставлял боеприпасы на передний край, всегда бесперебойно и своевременно. Пулеметная повозка всегда в боевой готовности.  Достоин правительственной награды ордена «Красной звезды». Награжден 6 мая 1945года. Как  память о Великой победе была у Кирилла Матвеевича Никоненко медаль «За взятие Кенигсберга».