Великая отечественная война застигла его на аэроклубовском аэродроме под Псковом, где проводились тренировочные полеты курсантов. На второй день войны инструктор-пилот аэроклуба Никифоров был уже в действующей армии. Свой первый боевой орден он получил на второй месяц войны. Учебные самолеты У-2 сразу же были брошены в бой и проводили бомбовые обстрелы вражеских позиций. В июне 1942 года Михаил Григорьевич был награжден орденом Отечественной войны I степени, а в 1944 году был награжден вторым орденом Отечественной войны. Он был направлен в создаваемое Войско Польское. Вместе с поляками освобождал города Ковель,Люблин, Варшаву. Он перевозил членов будущего правительства Народной Польши.  В партизанские отряды доставлял боеприпасы, медикаменты, вывозил раненных. За военные подвиги он был награжден польскими орденами. В Польше Михаил Григорьевич встретил конец войны, и еще два года после этого командовал эскадрильей и подготовил 25 польских пилотов для полетов на новых самолетах ПО-2.