В начале Великой Отечественной войны И.А. Найденов был откомандирован в Киев для подготовки Узла связи вспомогательного пункта управления Ставки ВГК. По возвращении в Москву 28 июля 1941 года назначен первым заместителем И.Т. Пересыпкина, начальника Главного Управления связи Красной Армии. С конца декабря 1941 года по февраль 1942 года, в период контрнаступления под Москвой, он напряженно трудился в 20-ой, 1-ой Ударной, 49-ой и 10-ой армиях Западного фронта, 29-ой и 39-ой армиях Калининского фронта.
Весь март и первую половину апреля она работал в Москве над организацией связи во вновь формируемых танковых армиях, вопросами призыва в войска связи женщин и организацией их подготовки в учебных частях. С 15 апреля по 10 мая 1942 года лечился в госпитале после операции, а уже 15 мая вылетел на Юго-Западный фронт для проверки организации связи на период вывода из окружения армий фронта, принявших участие в неудачной Харьковской операции. В последующем Найденов занимался, главным образом, вопросами организации и обеспечения связи на различных фронтах.