Великая Отечественная война потребовала от учёных приложения всех своих сил, знаний и опыта, и с 1942 г. Мерлин одновременно с педагогической деятельностью был научным консультантом в клинике Института психологии Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова (ныне Психологический институт РАО) при эвакогоспитале № 4008 в посёлке Коуровка под Свердловском (ныне Екатеринбург). Научным руководителем эвакогоспиталя был А. Н. Леонтьев. В это же время там работали П. Я. Гальперин, А. В. Запорожец. Мерлин изучал проблемы координации движений у раненых и реабилитации военнослужащих, ослепших на войне. Позднее это направление его исследований нашло отражение в монографии «Проблемы экспериментальной психологии личности», в главе «Психологические конфликты», одной из первых работ в российской науке, где был проанализирован жизненный психологический конфликт военнослужащих, ослепших на войне, пути и этапы его преодоления.