Был легко ранен 17 ноября 1941г. на Южном фронте.

03 апреля 1942г. командир 2 отделения 2 взвода 2 стрелковой роты сформированного 95 моторизованного стрелково-пулеметного батальона- направлен с батальоном из 81 запасного стрелкового полка 30 запасной стрелковой бригады в Московский автобронетанковый центр (Серпухов), где с февраля 1942г. формировалась 95 танковая бригада.

12 июля 1942г. с 19-00 до 21-00 батальон вместе с 142 танковым батальоном бригады произвел погрузку в эшелон на станции Воротынск и выбыл в район г.Белев.

С 12 июля 1942г. батальон в составе бригады совершил несколько маршей по территории Сухиничского района. 

К 15 августа на марше в район станции Сухиничи.

13 июля 1942г. в 08-00 эшелон отправился со станции Сухиничи. В 08-20 8 бомбардировщиков противника сбросили на эшелон около 80 авиабомб.

19 августа бригада вступила в бой с противником в районе  д.Алешинка (Сухиничский р-н). Отбросив противника, перешла к обороне, организовала засады. 

20 августа противник 9 раз бомбил позиции мотострелково-пулеметного батальона. Благодаря хорошей маскировке и окапыванию, потерял одного человека убитым и 12 ранеными.

21 августа с 12-00 батальон вел бой с полком немецкой 19 танковой дивизии. Атака батальона не была поддержана огнем артиллерии 326 стрелковой дивизии, о чем была договоренность. К исходу дня, понеся  потери: убито 37 человек, ранено- 54, пропали без вести- 28, батальон занял опушку леса южнее Алешкинка и закрепился на новых позициях.

25 августа сержант Марков был легко ранен.

28 августа батальон форсировал р.Жиздра и занял исходные позиции у д.Поляна. В районе д.Кутьково батальон попал под ураганный огонь противника.

29 августа батальон продолжил бои за д.Кутьково. 

С 07 сентября 1942г. по 14 февраля 1943г. бригада находилась в районе Сухиничи и занималась боевой подготовкой.

С 15 февраля 1943г. бригада совершала марши к новым местам сосредоточения.

К 12 марта батальон прибыл на станцию Пробуждение на погрузку в эшелон.

22 марта эшелон прибыл на станцию Касторное (Курская обл.). Батальон сосредоточился в районе с.Быково. И до июля 1943г. занимался боевой подготовкой.

Старшина Марков- командир орудия истребительно-противотанковой батареи бригады.

С 05 по 14 июля батальон в составе бригады несколькими маршами вышел в район Новая Слободка.

С 14 июля 1943г. бригада участвовала в Курской битве.

15 июля с 13-00 бригада перешла в наступление. У высоты 249,9 встретила упорное сопротивление противника. После нескольких безрезультатных атак, в 22-00 бригада отошла в район д.Федоровка.

16 июля бригада находилась в лесу у д.Новослободка, приводила в порядок материальную часть и вооружение.

Утром 17 июля перешла в наступление из района высоты 249,9 в направлении станции Малоархангельск. 

Совместными действиями с 95 танковой бригадой была занята д.Бузулук и выбит противник со станции Малоархангельск. В течение 4-х часов подразделения занимали оборону и отражали контратаки противника.

До 01 августа бригада занимались боевой подготовкой. 01 августа вступили в бой в районе Гостомль. 02 августа бригада вела бои за деревни Караваево и Подвилье. 03 августа бригада наступала на Бельдяжки- Кромы. 04 августа бригада переправилась через р.Крома, удерживала переправы в районе Глинки и Лешня. К 03-00 05 августа бригада овладела Глинки и южной окраиной Лешня.

В районе Бельдяжки, выкатив орудие на прямую наводку, расчет Федора Ивановича уничтожил и рассеял до роты вражеской пехоты, подбил два легких танка. Когда выбыл из строя командир батареи и его сменил командир взвода старший лейтенант Филипенко Григорий Митрофанович, старшина Марков принял командование 1-м огневым взводом.

Приказом от 14 августа 1943г. награжден орденом Красной Звезды.

Бригада участвовала в освобождении Орловской, Брянской, Сумской и Черниговской областей.

Во второй половине октября 1943г. бригада переправилась через Днепр и вела бои по расширению плацдарма в Лоевском районе Гомельской области.

В конце июня 1944г. участвовала в разгроме Жлобинской группировки противника, вела наступление на Минск, Барановичи, Брест, участвовала в боях в Польше.

Старшина Марков был легко ранен 29 июня 1944г. севернее Бобруйска.

В январе 1945г., переправившись на западный берег Вислы, бригада наступала к Одеру.

В феврале вела бои в Померании.

В начале марта наступала на г.Альтдамм.

05 марта в районе Массов, выкатив орудие на прямую наводку, старшина Марков подавил и уничтожил 2 артиллерийские и 1 минометную точки противника, 30 гитлеровцев.

Был тяжело ранен 12 марта 1945г.

Приказом от 30 марта 1945г. награжден орденом Отечественной войны II степени.

Награжден медалями «За освобождение Варшавы»,«За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

В честь 40-летия Победы награжден орденом Отечественной войны I степени.