Сергей Степанович Маркин родился 18 июня 1918 года в деревне Белоколодезь Веневского района Тульской области в семье крестьянина. Окончил 8 классов. Работал слесарем-сантехником в городе Сталиногорск (ныне Новомосковск). Окончил аэроклуб. В Красной  Армии Сергей Степанович с 1939 года. В 1940 году окончил Балашовскую военную авиационную школу пилотов.

Участник Великой Отечественной войны с июня 1941 года. Командир звена 5-го гвардейского авиационного полка (50-я авиационная дивизия, 6 авиационный корпус, АДД) гвардии капитан Маркин к августу 1944 года совершил 314 боевых вылетов на бомбардировку военно-промышленных объектов в тылу противника, скоплений его войск.

После войны продолжал службу в ВВС. С 1956 года майор Маркин – в запасе. Жил и работал в Минске.

Звание Героя Советского Союза Маркину Сергею Степановичу было присвоено 5 ноября 1944 года. Награжден орденом Ленина, 3 орденами Красного Знамени, орденами Отечественной  войны 1 степени, Красной Звезды, медалями.

Умер 15 мая 1977 года.