С 21 июля 1941г. началось формирование 2 авиационного полка дальней разведки.

Капитан Малютин был назначен заместителем командира 3 авиаэскадрильи полка.

На вооружении полк имел самолеты Пе-2 и Пе-3. Базировался на аэродроме Монино. Командир полка- подполковник Тюрин Трофим Романович.

В начале 1942г. на базе 3 авиаэскадрильи была создана оперативная группа полка. Аэродром оперативной группы, действовавшей на Северо-Западном (Ленинградском) фронте, находился в районе Валдая. Командовал группой командир 3 авиаэскадрильи полка капитан Дмитриев Павел Дмитриевич.

Указом Президиума ВС СССР от 24 февраля 1942г. капитан Малютин был награжден орденом Красной Звезды.

Михаил Васильевич вел авиаразведку в районах Тихвин, Шлиссельбург, Луга, Новгород, Орша, Витебск, Смоленск ,Вязьма, Ярцево ,Калинин, Брянск, Орел.

В период с 23 сентября 1941г. по 05 августа 1942г. выполнил 32 боевых вылета.

Был представлен к ордену Красного Знамени, приказом от 21 февраля 1943г. награжден орденом Отечественной войны II степени.

08 февраля 1943г. полк был преобразован в 47 гвардейский авиационный полк дальних разведчиков.

Михаил Васильевич назначен командиром эскадрильи, продолжавшей действовать, как оперативная группа.

К концу мая 1944г. гвардии майор Малютин произвел еще 10 боевых вылетов. Разведал районы Новгород, Луга, Волосово, Гдов, Псков, Остров, Идрица, Резекне, Даугавпилс.

Эскадрилья под его командованием за первый пять месяцев 1944г. совершила 178 боевых вылетов, имея две боевые потери. Три офицера были удостоены звания Герой Советского Союза.

Приказом от 15 августа 1944г. гвардии майор Малютин был награжден орденом Красного Знамени.

За долголетнюю и безупречную службу в ноябре 1944г. был награжден орденом Красной Звезды.

Награжден медалью «За оборону Москвы».

Награжден медалями «За взятие Кенигсберга», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

Гвардии майор Малютин был уволен в запас 09 августа 1946г.

В честь 40-летия Победы награжден орденом Отечественной войны II степени.