К началу войны Якову уже исполнилось 26 лет. За плечами средняя школа и десятилетний трудовой стаж на шарикоподшипниковом заводе. Имел он и военную подготовку - обучался в полковой школе и заслужил право на три треугольника в петлицах, что соответствует званию старшего сержанта.
День 22 июня 1941 г в Москве выдался по-летнему теплым и солнечным. Яков всю первую половину дня провел на ВСХВ, гуляя по аллеям и любуясь фонтанами. И вдруг страшная новость - Война! Уже 24 июня Яков на призывном пункте добровольцем. В первые месяцы войны Яков Мальцын охраняет военную стратегическую дорогу №1 участок от Москвы до Можайска. С приближением немцев охрана дороги усиливалась. По инструкции, охраняющие эту магистраль обязаны были строго проверять документы у всех, кто по ней передвигался. Однажды Яков в составе дежурной группы остановил кортеж легковых машин и проверил документы у самого Ворошилова. Вместо нагоняя за задержку, маршал тогда поблагодарил красноармейцев за четкое несение службы. К тому времени подразделение, в котором служил Мальцын имело на своем счету десятки задержанных диверсантов.
Со сдачей Можайска подразделение Якова влилось в 108-ю стрелковую дивизию 5-й армии под командованием генерала Говорова. В ноябре 1941 года он участвовал в бою за подмосковное село Рождественское. К этому времени Яков Мальцын уже лейтенант. Дело в том, что наш комсостав носил головные уборы, чей цвет меха был более светлым, чем у солдат. Вот вражеские снайперы и пытались "выбить" офицеров Красной армии. Но повезло - в разгар боя шапка сдвинулась и это спасло ему жизнь. Пуля снайпера пробила шапку и лишь задела голову. Так Яков получил первое ранение.
В декабре 1941 г. фрицев погнали от Москвы. 108-я стрелковая дивизия прошла с боями по той стратегической дороге, которую в самом начале войны охранял Яков. В начале 1942 года дивизия освободила Можайск. В один из февральских дней немцы предприняли ночную атаку. Им удалось окружить населенный пункт, где находился штаб полка. Отбивая эту ночную атаку, Яков получил второе ранение - пуля навылет прошла через бок. В этот раз тоже повезло - несколько недель в медсанбате и Яков вернулся в свою дивизию.
Летом 1943 года происходит Курская битва. С самых первых дней этого сражения Яков (уже старший лейтенант) принимает самое активное участие. 108 СД в середине июля находилась на Орловском выступе и освобождала город Болхов. Враг дрался ожесточенно. В одной из рукопашных схваток Яков упал как подкошенный - страшная боль пронзила тело - пуля попала в левую ногу, раздробила берцовую кость, нога повисла как плеть. После боя раненого бойца отправили в госпиталь. Вердикт врачей был "ампутация". Находясь в полубессознательном состоянии, Яков упросил врачей подождать хотя бы до утра (дело происходило вечером). Наутро врачи снова хотели отрезать ногу, но Яков настоял на своем. Долго лечился по госпиталям, но ногу удалось сохранить. Хотя ранение было не просто тяжелым, тяжелейшим. Еще десять лет после войны рана давала о себе знать - только к середине пятидесятых рана перестала гноится. Левая нога на всю жизнь осталась короче правой.