С августа 1945 года учился в Высшей разведывательной школе Генерального штаба (Фили). Летом 1946 года окончил первый курс, но тогда же школа была расформирована, а слушатели зачислены для продолжения учёбы на разведывательный факультет Военной академии имени М. В. Фрунзе. Окончил академию в 1948 году с золотой медалью. С 1948 года служил офицером разведывательного отдела штаба 38-й армии (Прикарпатский военный округ), с 1949 — офицером разведывательного отдела Главного командования Сухопутных войск. С 1950 года служил в 2-м Главном (разведывательном) управлении Генерального штаба: офицер, с 1951 — старший офицер.

С ноября 1954 года служил начальником 1-го отдела разведывательного управления Центральной группы войск (Австрия). После расформирования ЦГВ с августа 1955 года — заместитель начальника штаба по разведке Особого корпуса в Венгрии. Участвовал в подавлении Венгерского восстания 1956 года[1], возглавляя оперативную группу штаба Особого корпуса. В этих событиях был отмечен командиром корпуса генералом П. Н. Лащенко, что сильно сказалось на последующей службе Е. Малашенко.

Окончил Военную академию Генерального Штаба (1958). С 1958 года служил начальником разведки 38-й армии Прикарпатского военного округа (куда его пригласил ставший командармом П. Н. Лащенко), с 1960 года проходил службу начальником разведки 3-й общевойсковой армии в Группе советских войск в Германии, с 1962 — начальником разведки штаба Северо-Кавказского военного округа. В октябре 1964 года по приглашению командующего войсками Прикарпатского военного округа П. Н. Лащенко стал начальником разведывательного управления — заместителем начальника штаба этого округа, а в апреле 1966 года повышен в должности до первого заместителя начальника штаба округа.

В ноябре 1967 года вновь по предложению генерала П. Н. Лащенко направлен в Объединённую Арабскую республику Объединённой Арабской Республике, где первый стал Главным военным советником, а второй старшим советником начальника Главного оперативного управления Генерального штаба Вооружённых сил ОАР. Фактически всю командировку находится в Египте, поскольку фактически к тому времени Сириия уже прекратила своё участие в ОАР. Занимался воссозданием египетской армии после её разгрома в Шестидневной войне и организацией боевых действий в войне на истощение.

В марте 1969 года вернулся в СССР, окончил Высшие академические курсы при Военной академии Генерального штаба в 1970 году и назначен начальником штаба Прикарпатского военного округа. С января 1974 года — заместитель начальника штаба Объединённых Вооружённых Сил государств — участников Варшавского договора. С конца 1976 года — первый заместитель начальника штаба Гражданской обороны СССР. В 1984 году генерал-лейтенант Е. И. Малашенко уволен в отставку.