Служил в составе 165 резервного авиаполка.

С октября 1941г. пилот 653 истребительного авиаполка 73 авиадивизии.

21 октября 1941г. в составе группы из 10 самолетов (ведущий старший лейтенант Точилкин Сергей Иванович) бомбил войска противника в районе Морской Чулек. В воздушном бою самолет Анатолия Кузьмича получил повреждения, несмотря на который, пилот привел самолет на свой аэродром.

28 октября 1941г. выполнил 3 боевых вылета в район хут.Дону.

19 ноября 1941г. 653 истребительный авиаполк вошел в состав 73 авиадивизии. Согласно записи в журнале боевых действий дивизии, в полк было назначено новое руководство.

Командиром полка был назначен майор Соколов Александр Дмитриевич, служивший в 590 истребительном авиаполку 73 авиадивизии.

653 авиаполк дислоцировался на аэродроме Злодейский, вместе с 590 истребительным полком.

20 ноября 1941г. совершил 4 боевых вылетав район совхоза Овощной. В вылетах, состоявшихся с 13-35 до 14-25 и с 15-25 до 16-20, руководил группой из 6 самолетов И-15 и 3 И-16. С обоих вылетов группа вернулась без потерь.

23 ноября 1941г. участвовал в 4 вылетах на уничтожение войск противника в районе Раковка и Большой Лог.

28 ноября 1941г. атаковал войска противника в районе пос.Орджоникидзе.

К 30 ноября младший лейтенант Макушев совершил 26 боевых вылетов. Был представлен к ордену Красного Знамени, приказом от 12 февраля 1942г. награжден орденом Красной Звезды.

Во второй половине декабря 1942г. 653 истребительный полк передан в состав 71 авиадивизии ВВС Закавказского фронта.

Часть личного состава полка была передана в состав 590 истребительного авиаполка.

26 декабря 1942г. майор Соколов назначен его командиром. 

24 марта 1942г. лейтенант Макушев был ведущим группы, которая разрушала проволочные заграждения и уничтожала живую силу противника.

25 марта 1942г. водил группу из 8 самолетов И-15 на уничтожение позиций противника на западных скатах высоты Соленая.

29 марта 1942г. командовал шестеркой И-15, совершившей вылет в район высоты Соленая и балки Джереганова.

30 марта 1942г.- четверкой И-15, уничтожившей 4 миномета с расчетами у высоты 82,8. Второй вылет- шестерка И-15 в район высоты Безымянная. Третий вылет- 6 самолетов И-15 на высоту Соленая. Реактивными снарядами РС-82 был подбит один танк.

31 марта 1942г. руководил группой из 8 самолетов И-15 и 3 И-16 (звено прикрытия). Были атакованы позиции противника на скатах высот Безымянная и Соленая. В составе группы были старший  сержант Саянин и сержант Зорин Яков Сергеевич, сбивший в воздушном бою истребитель Ме-109 (Мессершмитт). Вторым вылетом группа уничтожала позиции противника на скатах высоты Соленая.

08 апреля 1942г. лейтенант Макушев водил тройку И-15 в район переправы на р.Миус. Не обнаружив переправы, экипажи сбросили бомбы на немецкие окопы.

17 мая 1942г. при передислокации с аэродрома Веселый на аэродром Ново-Астрахань Анатолий Кузьмич совершил вынужденную посадку на аэродром Ворошиловград.

22 мая 1942г. командовал пятеркой И-15, атаковавшей колонну противника у станицы Петровская.

22 мая 1942г. полк переименован в 590 штурмовой авиационный полк.

28 мая 1942г. в 07-45 группа из 9 самолетов И-15 и одного И-153 вылетела на уничтожение техники противника в районе Алексеевка. В районе Бусаевка самолеты И-15, пилотируемые лейтенантом Макушевым Анатолием Кузьмичом и старшим сержантом Якушевым, были атакованы парой Ме-115. Якушев, наблюдая за истребителем, заходящим на атаку Макушева, не заметил второй истребитель, заходящий ему в хвост. Развернувшись влево, Якушев открыл огонь, при этом преследовавший его «мессер» открыл огонь и повредил рули управления. Лейтенант Макушев, из-за выработки горючего, совершил вынужденную посадку.

10 июня 1942г., был первым заместителем ведущего- старшины Долгова Валерия Тимофеевича. При походе к цели группа попала под огонь зенитной артиллерии. Старшина Долгов, совершая противозенитный маневр, ушел в облака. Лейтенант Макушев развернулся влево, группа последовала за ним. Бомбы были сброшены на отдельные машины. Задание группа не выполнила. 

12 июня 1942г., произведя в составе группы атаку немецкой автоколонны, на обратном маршруте не опознал нашу автоколонну из 7 автомашин. Без сигнала от ведущего вышел из строя и обстрелял колонну. 

13 июня 1942г. выполнял задачу в составе группы старшего лейтенанта Семенова Бориса Николаевича. Сделал два захода на цель, выпустив по одному РС-82.

27 июня 1942г. из-за плохого самочувствия возвратился с вылета.

08 июля 1942г. возвратился из-за отказа маслотермометра.

09 июля 1942г. в 11-40 группа была атакована 10 истребителями противника, которых наши истребители прикрытия оттянули на себя. Из Михайловки противника открыл сильный зенитный огонь. Был подбит самолет И-15-Бис, пилотируемый младшим лейтенантом Прядко Даниилом Павловичем. Потеряв управление, самолет начал падать и наскочил на самолет И-15-Бис, пилотируемый лейтенантом Макушевым, который упав на землю в район Мессарош, загорелся. Лейтенант Макушев погиб.